RNAseq数据分析第13-15课

最新推荐文章于 2023-07-25 16:20:26 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 自然语言处理 数据挖掘
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目录

FAQ

cufflinks分析流程

001

  • 步骤1、7、8可以直接得到差异表达的结果
    002

  • 步骤1、3、4、6、7、8使用了一个新的GTF文件

  • 转录本重构容易造成误差
    003

  • 基因表达量为0
    004

  • 如何提取差异表达基因

  • topat中有GTFtofastaA功能

  • 关于生物学重复试验
    样本间基因表达水平相关性，绘制样本表达散点图。如果重复试验样本表达一致，则可以说明是服从生物学重复试验。

cufflinks软件使用注意事项

在005述

新转录本分析

  • 概念
    006
  • 为什么会有新转录本
    008
  • 流程
    009
  • 转录本重构策略比较
  • 一般推荐第一种；第二种比较消耗计算资源。
    010

LncRNA

长链非编码RNA（长度大于200bp）,在序列上不保守，且表达量低
011

  • 作用机制，发生重要调控作用
    012
  • ENCODE计划发现人类75%的DNA转录为RNA，而大于有74%的RNA不参与表达，这其中包括了LncRNA。（上述数据如果需要可以去论文中查看）
    013
  • LncRNA的结构特征
    014
  • LncRNA分析
    015
  • 编码潜能分析
    016
  • iSeeRNA软件
    0167
Drone_xjw
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