FAQ
cufflinks分析流程
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步骤1、7、8可以直接得到差异表达的结果
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步骤1、3、4、6、7、8使用了一个新的GTF文件
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转录本重构容易造成误差
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基因表达量为0
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如何提取差异表达基因
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topat中有GTFtofastaA功能
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关于生物学重复试验
样本间基因表达水平相关性,绘制样本表达散点图。如果重复试验样本表达一致,则可以说明是服从生物学重复试验。
cufflinks软件使用注意事项
新转录本分析
- 概念
- 为什么会有新转录本
- 流程
- 转录本重构策略比较
- 一般推荐第一种;第二种比较消耗计算资源。
LncRNA
长链非编码RNA(长度大于200bp),在序列上不保守,且表达量低
- 作用机制,发生重要调控作用
- ENCODE计划发现人类75%的DNA转录为RNA,而大于有74%的RNA不参与表达,这其中包括了LncRNA。(上述数据如果需要可以去论文中查看)
- LncRNA的结构特征
- LncRNA分析
- 编码潜能分析
- iSeeRNA软件