如何下载生物数据（四）：SRA数据下载

欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！
基因学苑Q群：32798724

应用场景：
如果自己没有测序数据，比如Pacbio数据，nanopore数据等，想要测试一些软件，或者想重复文章的内容，就需要从SRA数据库下载数据。

SRA数据库介绍
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/
SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent等。我们经常会看到文献中给出数据名字为SRA然后后面接一些数字。我们根据这个SRA的ID就可以进行下载了，然后进行数据的分析，重复文献的分析内容。

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：

Studies-- 研究课题

Experiments-- 实验设计

Samples-- 样品信息

Runs-- 测序结果集

SRA数据分类
这四种分类有一个层次关系。首先是Studies->Experiments->Samples->Runs。这也是一个研究项目正常的逻辑关系。了解这个层级关系，否则找sra数据就会感觉比较混乱。
一个study可能包含多个Experiment，Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。
SRA数据库用不同的前缀加以区分：

ERP或SR