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读书笔记四：《生物信息学与功能基因组学》第十一章第四部分
分子系统发生的专用名词与树的拓扑结构
在《生物信息学与功能基因组学》第十一章的第四部分，作者介绍了分子系统发生分析中的专用名词，并详细解释了系统发生树的拓扑结构和分支长度的意义。这些概念对于理解和解释分子进化数据至关重要。
系统发生树的专用名词
系统发生树是由节点和分支组成的图形结构，每个节点代表一个分类单元，而分支则表示分类单元之间的关系。专用名词包括：
- 操作分类单元（OTUs）：代表树中的每个分类，可以是物种或蛋白质序列。
- 内部节点：代表OTUs的共同祖先。
- 外部节点或叶节点：代表具体的OTUs，如现存的物种或蛋白质序列。
- 根节点：树的基部，代表所有OTUs的最后一个共同祖先。
树的拓扑结构
系统发生树的拓扑结构显示了不同分类单元之间的进化关系。树的结构可以是：
- 二叉树：每个内部节点只有两个分支。
- 多分支树：存在有多个直接后代的节点。
拓扑结构对于理解物种或基因的进化路径至关重要。
分支长度的意义
在系统发生树中，分支长度可以表示不同的含义：
- 不标示权重的树：分支长度与氨基酸或核苷酸的变化数目不成比例&
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