1. 不完全双列杂交定义
将群体分为两部分,一部分是父本群,一部分是母本群
对两个群进行杂交,只进行群间杂交,不进行群内杂交
杂交方式示意图:
2. 模型
y = M u + G c a 1 + G c a 2 + S c a + e y = Mu + Gca1 + Gca2 + Sca + e y=Mu+Gca1+Gca2+Sca+e
- y 是观测值
- Mu是截距
- Gca1是品本1的一般配合力
- Gca2 是品种2的一般配合力
- Sca 是特殊配合力
- e 是残差
3. 计算方法
Vm = Vf = 1/4 * Va
Va = 2*(Vm + Vf)
Vd = 4*Vmf
4. sommer 软件包中的计算方法(可能有误)
来源:
https://cran.r-project.org/web/packages/sommer/vignettes/sommer.pdf
这里,其计算方法为:
vgca1 = 0
vgca2 = 7.4122
vsca = 187.56
ve = 221.142
其计算Vgca时,将gca1和gca2合并,然后计算Va时,Va = 4*Vgca
公式总结:
广义遗传力
h 2 b r o a d = 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a ) 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + s c a ) + v e h2broad = \frac{4*(vgca1 + vgca2 +vsca)}{4*(vgca1+vgca2+sca) + ve} h2broad=4∗(vgca1+vgca2+sca)+ve4∗(vgca1+vgca2+vsca)
狭义遗传力
h 2 n a r r o w = 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 ) 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + s c a ) + v e h2narrow = \frac{4*(vgca1 + vgca2 )}{4*(vgca1+vgca2+sca) + ve} h2narrow=4∗(vgca1+vgca2+sca)+ve4∗(vgca1+vgca2)
值得探讨的地方:
1,分子部分,如果是半同胞,才乘以4,如果是全同胞,应该是2*(gca1 + gca2)
2,分母部分,表型方差组分应该是(gca1 + gca2 + sca + e),不应该乘以4.
5. 一篇老文献提出的计算方法
这里提到的计算方法是:
广义遗传力
h 2 b r o a d = v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a v g c a 1 + v g c a 2 + s c a + v e h2broad = \frac{vgca1 + vgca2 +vsca}{vgca1+vgca2+sca + ve} h2broad=vgca1+vgca2+sca+vevgca1+vgca2+vsca
狭义遗传力
h 2 n a r r o w = v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a v g c a 1 + v g c a 2 + s c a + v e h2narrow = \frac{vgca1 + vgca2 +vsca}{vgca1+vgca2+sca + ve} h2narrow=vgca1+vgca2+sca+vevgca1+vgca2+vsca
没有用2乘以分子,继续查找文献。
6. 红宝书中的计算方法
红宝书:玉米数量遗传学
计算方法:
当近交系数F=0时:
Va = 4gca1 = 4gca2
Vd = 4sca
假定gca1和gca2的方差组分是相等的,因此可以用4gca1或者4gca2代表Va,但如果gca1和gca2相差较大时,可以用折中的手段:Va = 2(gca1+gca2)。
书中还分为计算单株遗传力和小区遗传力,方法也有所不同。
7. 数量性状遗传分析一书的计算方法
主要结论:
近交系数F=0时
加显模型,
狭义遗传力
- 分子部分:2*(gca1 + gca2)
- 分母部分:gca1 + gca2 + sca + e
近交系数F=1时
加显模型,
狭义遗传力
- 分子部分:gca1 + gca2
- 分母部分:gca1 + gca2 + sca + e
8. 结论
F= 0时
F = 0 时,比如动物,林木中,包括收集的一些农家玉米种等群体,假设个体的近交系数为0,那么NC II的遗传力计算方法为:
狭 义 遗 传 力 = 2 ∗ ( g c a 1 + g c a 2 ) ( g c a 1 + g c a 2 + s c a + e ) 狭义遗传力 = \frac{2*(gca1+gca2)}{(gca1 + gca2 + sca + e)} 狭义遗传力=(gca1+gca2+sca+e)2∗(gca1+gca2)
广 义 遗 传 力 = 2 ∗ ( g c a 1 + g c a 2 ) + 4 ∗ s c a g c a 1 + g c a 2 + s c a + e 广义遗传力 = \frac{2*(gca1 + gca2)+4*sca}{gca1 + gca2 + sca + e} 广义遗传力=gca1+gca2+sca+e2∗(gca1+gca2)+4∗sca
F= 1时
F = 1 时,比如收集的玉米自交系(纯系),小麦品种(纯系),大豆品种(纯系)等,假定其近交系数为1.
狭 义 遗 传 力 = g c a 1 + g c a 2 ( g c a 1 + g c a 2 + s c a + e ) 狭义遗传力 = \frac{gca1+gca2}{(gca1 + gca2 + sca + e)} 狭义遗传力=(gca1+gca2+sca+e)gca1+gca2
广 义 遗 传 力 = g c a 1 + g c a 2 + s c a g c a 1 + g c a 2 + s c a + e 广义遗传力 = \frac{gca1 + gca2+sca}{gca1 + gca2 + sca + e} 广义遗传力=gca1+gca2+sca+egca1+gca2+sca
注意:
- 这里的gca1,gca2表示的是亲本1和亲本2的一般配合力的方差组分
- sca 表示亲本1和亲本2之间特殊配合力的方差组分
- e表示残差的方差组分