不完全双列杂交种遗传力的计算方法

1. 不完全双列杂交定义

将群体分为两部分,一部分是父本群,一部分是母本群

对两个群进行杂交,只进行群间杂交,不进行群内杂交

杂交方式示意图:

2. 模型

y = M u + G c a 1 + G c a 2 + S c a + e y = Mu + Gca1 + Gca2 + Sca + e y=Mu+Gca1+Gca2+Sca+e

  • y 是观测值
  • Mu是截距
  • Gca1是品本1的一般配合力
  • Gca2 是品种2的一般配合力
  • Sca 是特殊配合力
  • e 是残差

3. 计算方法

Vm = Vf = 1/4 * Va

Va = 2*(Vm + Vf)

Vd = 4*Vmf

在这里插入图片描述

4. sommer 软件包中的计算方法(可能有误)

来源:

https://cran.r-project.org/web/packages/sommer/vignettes/sommer.pdf

这里,其计算方法为:
vgca1 = 0
vgca2 = 7.4122
vsca = 187.56
ve = 221.142

其计算Vgca时,将gca1和gca2合并,然后计算Va时,Va = 4*Vgca

公式总结:

广义遗传力

h 2 b r o a d = 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a ) 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + s c a ) + v e h2broad = \frac{4*(vgca1 + vgca2 +vsca)}{4*(vgca1+vgca2+sca) + ve} h2broad=4(vgca1+vgca2+sca)+ve4(vgca1+vgca2+vsca)

狭义遗传力

h 2 n a r r o w = 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 ) 4 ∗ ( v g c a 1 + v g c a 2 + s c a ) + v e h2narrow = \frac{4*(vgca1 + vgca2 )}{4*(vgca1+vgca2+sca) + ve} h2narrow=4(vgca1+vgca2+sca)+ve4(vgca1+vgca2)

值得探讨的地方:
1,分子部分,如果是半同胞,才乘以4,如果是全同胞,应该是2*(gca1 + gca2)
2,分母部分,表型方差组分应该是(gca1 + gca2 + sca + e),不应该乘以4.

5. 一篇老文献提出的计算方法



这里提到的计算方法是:

广义遗传力

h 2 b r o a d = v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a v g c a 1 + v g c a 2 + s c a + v e h2broad = \frac{vgca1 + vgca2 +vsca}{vgca1+vgca2+sca + ve} h2broad=vgca1+vgca2+sca+vevgca1+vgca2+vsca

狭义遗传力

h 2 n a r r o w = v g c a 1 + v g c a 2 + v s c a v g c a 1 + v g c a 2 + s c a + v e h2narrow = \frac{vgca1 + vgca2 +vsca}{vgca1+vgca2+sca + ve} h2narrow=vgca1+vgca2+sca+vevgca1+vgca2+vsca

没有用2乘以分子,继续查找文献。

6. 红宝书中的计算方法

红宝书:玉米数量遗传学


计算方法:

当近交系数F=0时:

Va = 4gca1 = 4gca2
Vd = 4sca

假定gca1和gca2的方差组分是相等的,因此可以用4
gca1或者4gca2代表Va,但如果gca1和gca2相差较大时,可以用折中的手段:Va = 2(gca1+gca2)。

书中还分为计算单株遗传力和小区遗传力,方法也有所不同。

7. 数量性状遗传分析一书的计算方法

主要结论:

近交系数F=0时

加显模型,
狭义遗传力

  • 分子部分:2*(gca1 + gca2)
  • 分母部分:gca1 + gca2 + sca + e

近交系数F=1时

加显模型,
狭义遗传力

  • 分子部分:gca1 + gca2
  • 分母部分:gca1 + gca2 + sca + e

8. 结论

F= 0时

F = 0 时,比如动物,林木中,包括收集的一些农家玉米种等群体,假设个体的近交系数为0,那么NC II的遗传力计算方法为:

狭 义 遗 传 力 = 2 ∗ ( g c a 1 + g c a 2 ) ( g c a 1 + g c a 2 + s c a + e ) 狭义遗传力 = \frac{2*(gca1+gca2)}{(gca1 + gca2 + sca + e)} =(gca1+gca2+sca+e)2(gca1+gca2)

广 义 遗 传 力 = 2 ∗ ( g c a 1 + g c a 2 ) + 4 ∗ s c a g c a 1 + g c a 2 + s c a + e 广义遗传力 = \frac{2*(gca1 + gca2)+4*sca}{gca1 + gca2 + sca + e} 广=gca1+gca2+sca+e2(gca1+gca2)+4sca

F= 1时

F = 1 时,比如收集的玉米自交系(纯系),小麦品种(纯系),大豆品种(纯系)等,假定其近交系数为1.

狭 义 遗 传 力 = g c a 1 + g c a 2 ( g c a 1 + g c a 2 + s c a + e ) 狭义遗传力 = \frac{gca1+gca2}{(gca1 + gca2 + sca + e)} =(gca1+gca2+sca+e)gca1+gca2

广 义 遗 传 力 = g c a 1 + g c a 2 + s c a g c a 1 + g c a 2 + s c a + e 广义遗传力 = \frac{gca1 + gca2+sca}{gca1 + gca2 + sca + e} 广=gca1+gca2+sca+egca1+gca2+sca

注意:

  • 这里的gca1,gca2表示的是亲本1和亲本2的一般配合力的方差组分
  • sca 表示亲本1和亲本2之间特殊配合力的方差组分
  • e表示残差的方差组分
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