LD衰减图绘制--PopLDdecay

最新推荐文章于 2025-01-12 09:12:49 发布

育种数据分析之放飞自我

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分类专栏： GWAS 文章标签： r语言机器学习

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大家好，我是邓飞。

GWAS中LD衰减图，可以形象的查看群体LD衰减的情况。

LD衰减是由于连锁不平衡所致，LD衰减速度在不同物种或者不同亚种中差异不同，通常用LD衰减到一般的距离来作为群体的衰减距离（还有其它计算方法），如果LD衰减很快，则在进行GWAS分析时需要更多的位点才能达到一定的精度（https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/122812786）。另外，LD衰减也可以反应群体受选择的情况，一般来说，野生群体比驯化改良群体LD衰减快，异花授粉比自花授粉植物LD衰减快。

LD图分为单个群体和多个群体的图，今天使用软件PopLDdecay来实现一下。这个软件需要Linux系统。

目标图：

1. 数据

基因型数据是vcf数据，plink格式的数据可以转化为vcf数据。

plink数据
vcf数据

$ ls hebing.ped hebing.map
hebing.map  hebing.ped

上面示例中用的是plink数据，这里转化为vcf格式的数据：

plink --file hebing --recode vcf-iid --allow-extra-chr --chr-set 40 --out file

结果：

$ ls file.vcf
file.vcf

2. PopLDdecay软件安装

官网：https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay

安装方法：

        git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git 
        cd PopLDdecay; chmod 755 configure; ./configure;
        make;
        mv PopLDdecay  bin/;    #     [rm *.o]

测试：

$ PopLDdecay

	Usage: PopLDDecay -InVCF  <in.vcf.gz>  -OutStat <out.stat>

		-InVCF         <str>     Input SNP VCF Format
		-InGenotype    <str>     Input SNP Genotype Format
		-OutStat       <str>     OutPut Stat Dist ~ r^2/D' File

		-SubPop        <str>     SubGroup Sample File List[ALLsample]
		-MaxDist       <int>     Max Distance (kb) between two SNP [300]
		-MAF           <float>   Min minor allele frequency filter [0.005]
		-Het           <float>   Max ratio of het allele filter [0.88]
		-Miss          <float>   Max ratio of miss allele filter [0.25]
		-EHH           <str>     To Run EHH Region decay set StartSite [NA]
		-OutFilterSNP            OutPut the final SNP to calculate
		-OutType       <int>     1: R^2 result 2: R^2 & D' result 3:PairWise LD Out[1]
		                         See the Help for more OutType [1-8] details

		-help                    Show more help [hewm2008 v3.40]

显示安装完成

3. 单个品种的绘制LD图

~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat LDdecay
~/bin/Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz --output re1 -bin1 10 -bin2 100

这里面，我用的是芯片数据，位点较少，所以曲线不平滑，可以修改bin2=500，在进行绘图：

~/bin/Plot_OnePop.pl -inFile LDdecay.stat.gz --output re2 -bin1 10 -bin2 500

4. 多品种绘制LD图

如果要运行A，B，C三个品种的LD图，先要把ID整理为三个文件：

A.txt
B.txt
C.txt

文件：

$ ls *txt
A.txt  B.txt  C.txt  total_name.txt

分别针对于每个品种，计算：

~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat A.stat.gz -SubPop A.txt
~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat B.stat.gz -SubPop B.txt
~/bin/PopLDdecay -InVCF file.vcf -OutStat C.stat.gz -SubPop C.txt

结果文件：

$ ls *stat.gz
A.stat.gz  B.stat.gz  C.stat.gz

生成multi.list，格式为两列，第一列为文件名称，第二列为品种名称，内容为：

$ cat multi.list
A.stat.gz A
B.stat.gz B
C.stat.gz C

作图：

perl ~/bin/Plot_MultiPop.pl -inList multi.list --output re3 -bin1 10 -bin2 500