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RSS订阅转载 一文读懂进化树
一、什么是进化树 系统发育进化树 (Phylogenetic tree)： 一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。 建进化树的过程，用术语讲： 分支系统发育分析 (Molecular phylogenetic analysis)： 是...
2021-03-19 14:21:20
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原创 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510) does not match topology...
用gromacs做复合物动力学模拟时，运行加离子预处理的步骤完可能经常会出现如下错误：Fatal error:number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 29510)does not match topology (topol.top, 29680)即显示坐标文件和拓扑文件原子数目不对等的情况。我的第一反应是首先应该检查每一步的.gro文件和top文件是否正确，比如整理complex.gro时，总原子数目有没有修改，top末尾有没有添加配
2021-03-12 21:40:05
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原创 Amber进行DNA建模详细步骤
之前写过一篇关于利用Discover Studio进行DNA建模的步骤，很方便快捷，但是用它来提交到haddock进行分子对接时，由于格式不兼容，提交文件总是报错。所以改用Amber进行DNA建模。Amber中有一个专门用来进行DNA建模的工具：NAB，它属于AmberTools package的一部分，绝对路径一般在~/amber16/AmberTools/bin/nab创建一个DNA双螺旋结构分为两步：1、新建一个空白文档命名为 nuc.nad，并写入以下内容：molecule m;m = f
2021-03-08 21:50:16
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空空如也
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