Amber进行DNA建模详细步骤

之前写过一篇关于利用Discover Studio进行DNA建模的步骤，很方便快捷，但是用它来提交到haddock进行分子对接时，由于格式不兼容，提交文件总是报错。所以改用Amber进行DNA建模。

Amber中有一个专门用来进行DNA建模的工具：NAB，它属于AmberTools package的一部分，绝对路径一般在~/amber16/AmberTools/bin/nab

创建一个DNA双螺旋结构分为两步：
1、新建一个空白文档命名为 nuc.nad，并写入以下内容：
molecule m;
m = fd_helix(“abdna”,“ttcgt”,“dna”);
putpdb(“nuc.pdb”,m,"-wwpdb");

其中第二行的第二个引号内容为你想创建的DNA序列，其余地方可以不用修改。

2、运行NAB程序：
$~/amber16/AmberTools/bin/nab nuc.nab
$./a.out

其中a.out是上一步的其中一个输出文件。运行完便可以生成nuc.pdb文件了，这个pdb和amber、haddock兼容，不用修改任何atom names。