Magic-BLAST是NCBI推出的一个用于大型下一代RNA或DNA测序数据映射到全基因组或转录组的工具。它支持SRA、FASTA、FASTQ、FASTC等格式的输入，用户可以不建立参考序列库直接使用fasta格式的序列文件进行映射，简化了操作流程。
Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.
前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列，短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。也可以进行长片段的mapping，比如EST。默认参数最好要调下。
1、下载
官网下载（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST）
我下载的是编译之后的，下载之后将magicblast和makeblastdb拷贝至系统全局变量路径即可。
2、使用
对经常使用blast的人来说使用非常简单。甚至不用将reference序列建库，直接使用fasta格式的序列文件即可。比如：
magicblast -query SRR1228245_1.fastq.gz -que
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