第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

第二、三代基因组测序数据混合拼接软件综述

王昊1陈挺2

1. 清华大学计算机科学与技术系2. 清华大学计算机系清华大学人工智能研究院

摘要：DNA测序是生物信息学研究的重要内容之一，对测序序列的从头拼接是其中非常基础而重要的步骤。随着测序技术的不断更新，新的第三代测序数据拥有更长的序列长度、高错误率等性质，针对这些性质，同时使用二代、三代测序数据进行混合拼接是获得更好的拼接结果一种重要方式。本文介绍了现有的混合拼接软件的基本原理，并比较了不同软件拼接结果。最后，本文对选择拼接软件以及提出新的混合拼接方法的研究方向给出了建议。 

关键词：

生物信息学; 全基因组序列拼接; 第三代测序技术; 混合拼接;

基金资助：

国家自然科学基金（No.61872218,61721003,61673241,61906105,1404804）； 国家重点研发项目（No.2019Yfb1404804）；

• 专辑：

  理工A(数学物理力学天地生); 医药卫生; 电子技术及信息科学

• 专题：

  生物学; 生物学; 生物医学工程; 计算机软件及计算机应用