7+衰老+分型+预后模型生信思路，没思路的同学们可参考

今天给同学们分享一篇生信文章“Identification and validation of a novel senescence-related biomarker for thyroid cancer to predict the prognosis and immunotherapy”，这篇文章发表在Front Immunol期刊上，影响因子为7.3。

结果解读：

三个衰老亚型的鉴定

PPI网络显示，与衰老相关的基因之间存在复杂的相关性，并涉及多种细胞功能，如有机酸代谢过程、细胞代谢过程和代谢过程。共识聚类结果显示，在k = 3时存在显著差异，呈缓坡曲线（图1A-C）。因此，TCGA-THCA患者被分为1、2和3个亚型。热图显示这三个亚型有明显的边界（图1D）。为了确定衰老相关基因不同表达模式是否影响THCA的预后，对三个亚型之间进行了K-M生存分析，结果显示亚型2的预后最好，亚型3的预后最差（图1E）。通过分析三个亚型中免疫检查点的表达，探索了衰老与免疫活性之间的关系。显著表达的免疫检查点包括IL10RB、PDCD1LG2、PDCD1、BTLA、CSF1R、TIGIT、LGALS9、CTLA4、IL10、HAVCR2、VTCN1、IDO1、KDR、CD244、CD274、TGFBR1、TGFB1和LAG3（p < 0.05）（图1F）。

评估衰老亚型中的免疫细胞浸润

MCPCOUNTER算法被用来探索三个亚型中的免疫细胞浸润（图2）。亚型1含有最多的成纤维细胞。亚型2显示出最多的CD8 T细胞、细胞毒性淋巴细胞、髓样树突状细胞、中性粒细胞和T细胞。亚型3含有最多的内皮细胞和单核细胞系。亚型2中免疫细胞的高比例，可以部分解释有利的预后。

衰老相关标志的鉴定

使用单变量Cox回归分析来确定三个衰老亚型中的差异表达基因（DEGs）。其中包括15个保护性基因，包括XKRX、DOCK6、TCIM、NELL