GEO数据挖掘

GEO数据挖掘（R语言）

 旧版本的R语言使用install.packages("包名")来安装所需要的包,然而有许多包都无法导入，所以有了以下安装语句：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

最近在做一些生物信息分析相关的工作，所以需要用到R语言以及GEO数据库，R语言中有一个包叫GEOquery，在ubuntu用以上语句来安装一直出错，显示无法更新无法安装之类的（也有可能是R版本的问题），就换回到windows试试，安装成功了，然后就可以进行导入并使用了。

library(GEOquery)
Data<-getGEO("GSE76275",destdir = "./") 

GEO数据库中的数据都有个GSE编号，按编号更换一下代码就可以了。
接下来把下下来的数据换成矩阵表达：

Data1 <- getGEO(filename="./GSE118527_series_matrix.txt.gz")
myMatrix <- Data1@assayData$exprs
myPDfile <- pData(phenoData(Data1))