【Scillus】single cell illustration from seurat

devtools::install_github("xmc811/Scillus", ref = "development")

画图类的包和函数记得用？看帮助文档里的parameter 

 

• initial step

(1)sample data

输入格式多样，可以是10x输出的标准三文件，也可以是分群注释好的Seurat object，本次以读入csv.gz为例。

(2)meta data

一般scRNA会有多样品、多组的各自文件，scillus在导入他们的时候会生成对应的多个Seurat object，所以需要对此做一个meta data frame。至少两列，一列sample，一列file or folder。

library(tidyverse)

a <- list.files("your/path/to/sample/data/GSE128531_RAW", full.names = TRUE)
m <- tibble(file = a, 
            sample = stringr::str_remove(basename(a), ".csv.gz"),
            group = rep(c("CTCL", "Normal"), each = 3)

或者（如果有sex等其他变量一样可以加进来）

(3)pallate set up

保证前后色调的统一性

pal <- tibble(var = c("sample", "group","seurat_clusters"),
              pal = c("Set2","Set1","Paired"))

• data processing

（1）loading raw data

library(Scillus)
library(tidyverse)
library(Seurat)
library(magrittr)

scRNA <- load_scfile(m)

#结果是一个list，每个object都是seurat object
#自动计算了线粒体基因含量

length(scRNA)

(2)plotting qc metrics

The resulting plot can be further customized (axis.title, theme, etc.) using ggplot grammar.

此外，function中还有三个optional parameter:

1, plot_type:默认是小提琴图和箱线图混合，可以改为“box”"violin""density"

2,group_by:默认是metadata里的sample，可以指定metadata里的其他列，例如group,sex

3,pal_setup:可以有三种输入，一是前面设置好的pal dataframe,二是RColorBrewer palette name，三是manually specified color vector. 

plot_qc(scRNA, metrics = "nFeature_RNA")

plot_qc(scRNA, metrics = "percent.mt")

plot_qc(scRNA, metrics = "nCount_RNA")

#注意加号后面的ggplot2语法
plot_qc(scRNA, metrics = "nCount_RNA", plot_type = "density") + scale_x