科研绘图系列：R语言富集散点图（enrichment scatter plot）

已于 2025-03-01 09:10:53 修改
阅读量309 收藏
点赞数
分类专栏： SCI科研绘图系列 文章标签： r语言 数据可视化
于 2024-09-08 00:45:00 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/H20230717/article/details/141900615
版权

在这里插入图片描述

文章目录

介绍

富集通路散点图（Enrichment Pathway Scatter Plot）是一种数据可视化工具，用于展示基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis, GSEA）的结果。

横坐标是对应基因名称，纵坐标是通路名称，图中的点表示该基因在某个通路下的qvalue，可以简单理解为不同环境下的贡献大小。

加载R包

导入所需要的R包，在导入前需要用户自己安装。

library(readxl)
library(tidyverse)
library(reshape2)
了解本专栏 订阅专栏 解锁全文
科研绘图系列：R语言火山图（volcano plot）
专注生信领域
07-17 1733
科研绘图系列：R语言火山图（volcano plot）
R语言可视化散点图（scatter plot）、并在散点图中叠加回归曲线、叠加lowess拟合曲线、使用plot函数、line函数和abline函数
statistics+insight+vista+power
07-18 208
R语言可视化散点图（scatter plot）、并在散点图中叠加回归曲线、叠加lowess拟合曲线(linear and lowess fit lines)、使用plot函数、line函数和abline函数
KEGG富集分析散点图.md
weixin_30600503的博客
06-13 4771
输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) #Pathwy是ID，richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 # 改变点的大小 pp + geom_point(aes(size=R0vsR3)) # 以基因的数目表...
GO富集绘图绘制方法，零基础教程，替换数据直接作图，完成版R语言脚本
青笋的博客
06-29 3733
首先，根据"Pvalue"列的值小于my_pvalue变量的值，保留满足条件的行。然后，继续筛选，仅保留"Number"列的值大于my_number变量的值的行。点的颜色基于Pvalue列的值，大小基于Number列的值。，使用ggsave函数将生成的图表保存为PDF文件，文件名由"Fig_GO_plot_"、job和".pdf"拼接而成，指定了输出文件的宽度和高度。，将df_plot中的"Description"列转换为因子类型，并按照leve_des中的顺序设置水平值（levels）。
Enrichment plot的另一种展示
weixin_43949246的博客
06-03 3821
上图大家都不陌生，GSEA分析出来的一个结果图。这里想像大家介绍的不是这个图是什么意思，而是这个图换一种形式展示！ #安装R包 library(plyr) library(ggplot2) library(grid) library(gridExtra) #设置工作目录 setwd(“C:\Users\lexb4\Desktop\singleGene\21.multipleGSEA”) #获取目...
GSEA分析结果详细解读
热门推荐
庐州月光的博客
11-05 12万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 在解读传统的富集分析结果时，经常会有这样的疑问，一个富集到的通路下，既有上调差异基因，也有下调差异基因，那么这条通路总体的表现形式究竟是怎样呢，是被抑制还是激活？或者更直观点说，这条通路下的基因表达水平在实验处理后是上升了呢，还是下降了呢？ 在这里我说下自己的观点，在传统的富集分析时，我们只需要一个差异基因的列表，根本不关心这个差异基因究竟是上调还是下调。这是...
【科研绘图系列】R语言绘制火山图和散点图（volcano & scatter plot）
专注生信领域
02-22 150
【科研绘图系列】R语言绘制火山图和散点图（volcano & scatter plot）
【科研绘图系列】R语言绘制堆积图和散点图（stacked plot & scatter plot）
最新发布
专注生信领域
02-23 62
【科研绘图系列】R语言绘制堆积图和散点图（stacked plot & scatter plot）
【科研绘图系列】R语言绘制点图和散点图（dot plot & scatter plot）
专注生信领域
02-21 79
【科研绘图系列】R语言绘制点图和散点图（dot plot & scatter plot）
R 学习 - 富集分析泡泡图回应
悟道西方
08-01 1万+
R语言学习 - 富集分析泡泡图 刚一出品，Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创，而且软件内集成dotplot, enrichmap,cnetmap (后续也实现这两个的一步出图)等画图方法，具体看这个教程 http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/ 或Biob
一文掌握GSEA富集分析-最详细教程
悟道西方
04-26 6万+
之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，大略介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念。 最近用自己数据实战分析时用到了该方法，故将一些之前遗漏的点补充整理出来分享给大家。 从前文中我们了解到GSEA分析的目的是要判断S集基因（基于先验知识的基因注释信息）中的基因是随机分布还是聚集...
R语言可视化散点图（scatter plot）、并在散点图中叠加回归曲线、叠加lowess拟合曲线(linear and lowess fit lines)、使用plot、line、abline函数
data+scenario+science+insight
01-21 3963
R语言可视化散点图（scatter plot）、并在散点图中叠加回归曲线、叠加lowess拟合曲线(linear and lowess fit lines)、使用plot函数、line函数和abline函数
散点图
挖土埋
07-09 4428
首先需要建立坐标轴，详见https://blog.csdn.net/yushiershi/article/details/80936859然后就只剩下画点了，需要准备好点数据、比例尺，比例尺与坐标轴相同点数据没有必然的规定，根据自己需要使用什么就放什么。例如我需要设置点的坐标（x,y），名称，大小，颜色，都可以放进去var datas = []; for(var i=0;i<10;i++){...
R语言ggplot2绘图教程——Pathway富集分析气泡图
宁生信
06-01 4万+
library(ggplot2) pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t") # 画图 p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) p=p + geom_point() # 改变点的大小 p=p + geom_point(
R 语言绘制功能富集泡泡图
大数据部落
06-18 3992
原文链接：http://tecdat.cn/?p=4321 功能富集泡泡图 功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路，对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用，也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过，这次介绍下富集分析泡泡图, 其展示的信息是最为全面的，也是比较抓人眼球...
ggplot2画富集气泡图
mym_74的博客
11-04 2860
用ggplot2来画富集分析图 library(ggplot2) # 读取数据 pathway = read.table("./qwe.txt",header=T,sep="\t") # 开始画图 p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) p + geom_point() # 改变点的大小 p + geom_point(aes(size=I...
R: clusterProfiler/enrichplot 富集分析与可视化神器
泉亚雪狐的博客
10-25 3万+
使用R包clusterProfiler 进行富集分析与可视化 clusterProfiler官方网址： http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html ID 转换功能 函数：bitr;bitr_kegg 功能：实现GeneSymbol, GeneID, Ensembl,UniprotID, nc...
R绘图实战|GSEA富集分析图
weixin_45822007的博客
03-18 2万+
写在前面 后台难得有读者私信，请教了下图中文章的GSEA图能不能用R来画，今天就来简单写个教学。 GSEA（Gene Set EnrichmentAnalysis），即基因集富集分析，它的基本思想是使用预定义的基因，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。 GSEA 和GO、KEGG pathway不同的地方在于，后两者会提前设定一个阈值，只关注差异变化大的基因（相当于重点班）。这样子容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因..
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

生信学习者1

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值