生信软件-- HiC PRO使用

继续上一篇HiC- PRO安装之后，学习HiC- PRO的使用。

HiC原理：（引用博客：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/113725316）
下图展示了目前主流三维基因组测序技术3：

1、C技术
3C（一对一）
基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）是最早研究三维基因组的技术，需要提前知道互相作用区域，才能量化一对基因组基因座之间的互相作用。4

4C（一对多）
染色体构象捕获芯片（Chromosome conformation capture-on-chip，4C ），可以捕获一个基因区域其他区域间的互相作用。该技术不需要知道作用区域的先验知识就可以使用。5

5C（多对多）
染色体构象捕获碳拷贝（Chromosome conformation capture carbon copy，5C） ，可以检测某段区域内所有的互作，但是该区域一般<1 Mb。覆盖度的问题也就造成该技术不适用于全基因组测序。6

Hi-C（全部互作）
高通量基因组捕获技术，基本解决了上述技术的缺点，可以实现全基因组覆盖检测全部未知互作区域。

2、基于免疫沉淀技术
ChIP-loop
该技术将 3C 与 ChIP-seq 结合，可以检测目的蛋白质介导的两个目