HiCPro安装及使用

ALL_h

已于 2022-11-29 22:24:36 修改

阅读量1.2k

点赞数 2

文章标签： python

于 2022-10-29 21:43:07 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_48497914/article/details/127591974

版权

本文档详细介绍了如何安装并使用HiCPro，从安装miniconda开始，包括配置文件设置，HiCPro的运行，后台运行以及分步运行Samplemerge进行Eigenvector计算以定义compartment。

摘要由CSDN通过智能技术生成

安装miniconda

#下载安装包并进行安装
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate
mv Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ./miniconda/
cd miniconda/
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
source ~./bashrc
~/.bashrc

#添加镜像
conda activate
conda --help
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes

安装HiCPro配置文件

#创建HiCPro运行环境
conda create -y -n hicpro python=3.7 pysam bx-python numpy scipy samtools bowtie2 
conda install R
conda install r-tidyversec
python
pip install --upgrade setuptools && python -m pip