Hic-Pro安装

HiC-Pro的作用是把测序文件输出为标准互作图谱,软件非常灵活,不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据,也可以处理capture Hi-C数据。

昨天安装Hic-Pro软件安装了一天,又是安装R,又是配置Python包,又试了是Conda,还是出问题,总是找不Python依赖:

Can not proceed without the required Python libraries, please install them and re-run

如下图:

晚上给课题组做生信的老师说了一下情况,老师一会就安好了,给我说了一下github上给示例的建立conda环境的作用,今天早上又试了一下,才解决。简单记录一下安装步骤及我遇见的问题总结。

一 、HiC-Pro软件安装

首先一个非常重要的问题,现在的Hic-Pro已经开始依赖python3了,网上很多的帖子还是python2,很快就不会再支持Python2了,一点要注意:我们看一下github上的描述吧:

Github地址:https://github.com/nservant/HiC-Pro

Conda建立HiC-Pro运行的依赖环境,按照github上说明,

在自己的software目录下运行如下命令:

wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz
tar -zxvf HiC-Pro-3.1.0.tar.gz
conda env create -f /public/home/myname/software/HiC-Pro-3.1.0/environment.yml -p /public/home/myname/miniconda3/envs/ HiC-Pro
conda activate HiC-Pro
make configure
make
进入bin目录,运行./Hic-Pro -h

运行成功

二、报错总结:

我在用conda建立HiC-Pro运行的运行环境后,开始用make configure 还是会报错,找不到Python的依赖,这个时候注意config-install.txt文件里面内容。

如果用conda建立的依赖环境,这个文件不需要做任何修改,直接make congfigure就可以了。

如果是自己手动配置HiC-Pro运行环境,就去修改config-install.txt文件,指定依赖的位置。

我之所以一直报错,就是用conda安装了运行环境,还去修改了config-install.txt文件,结果不行。

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