SNP基因芯片基因分型1 - 解析SNP芯片各样本等位基因数据

最新推荐文章于 2025-06-12 22:38:01 发布

生信与基因组学

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分类专栏：生信分析项目进阶技能合集文章标签： python 数据分析数据挖掘

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本文介绍如何对SNP芯片数据进行解析，整理输SNP 、 chromosome、position三列+各样本对应的等位基因信息，用于后续介绍的基于SNP芯片的基因分型。

1. 解析SNP芯片数据程序基本用法

# 运行方式, 默认dataType为ASA
# --input： 芯片原始结果文件路径
# --output： 输出结果文件路径
python parser_chip_data.py \
--input /path/XXX_ASA_v1_FinalReport_standard.txt \
--output /path/XXX_ASA_v1_FinalReport_standard_new.txt