基因表达差异的箱线图*

本文介绍如何使用R语言创建箱线图来可视化基因表达数据的组间差异。通过生成模拟数据,将其整理成数据框,然后转换为长格式,再利用ggplot2库绘制箱线图,并通过Wilcoxon秩和检验和rstatix包进行统计分析,添加显著性标记,以揭示基因在control、treat1和treat2组间的差异。
摘要由CSDN通过智能技术生成

代码主要用于创建箱线图和条形图,以可视化数据集中的分组差异。我将逐步解释代码的每个部分。

  1. 生成数据集
set.seed(123)
exp = matrix(rnorm(480, mean = 6), ncol = 120)
exp = round(exp, 2)
rownames(exp) = paste0("gene", 1:4)
colnames(exp) = paste0("test", 1:120)
exp[, 50:80] = exp[, 50:80] + 2
exp[, 90:120] = exp[, 90:120] + 4
exp[1:4, 1:4]

这部分代码首先设置了随机数种子,然后生成一个4x120的随机矩阵,其中每个元素来自于正态分布,并进行了舍入。接下来,通过修改矩阵的一些列,对数据进行了模拟修改。最后,展示了数据的前4行和前4列。

  1. 数据整理
library(tidyr)
library(tibble)
library(dplyr)

dat = t(exp) %>% 
  as.data.frame() %>% 
  rowna
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