pymol 分离蛋白与小分子保存；pymol分离蛋白多聚体亚基；pymol对接位点交互图展示；去除杂原子

loong_XL

已于 2023-01-10 17:02:35 修改

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分类专栏： CADD/AIDD 文章标签： pymol

于 2022-11-09 16:43:30 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127772501

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这篇博客介绍了如何在pymol中进行常见操作，包括保存小分子和蛋白质、分离蛋白多聚体亚基、创建对接位点的交互图以及去除杂原子。在保存小分子时要注意pymol加载pdb文件可能导致键信息错误，建议从rcsb网站单独下载小分子。此外，详细步骤展示了如何显示和标记氢键、选择和优化显示效果。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

参考：https://www.jianshu.com/p/2b8e700ff37a

1、pymol 常见命令

可以输入help查看
help create
在这里插入图片描述

remove solvent  ##去除水分子
remove hydrogens   ##去氢
remove organic  ##分离得到蛋白

set_name  old_name,new_name

2、分别保存小分子、蛋白

1）小分子保存
点选好小分子,选择保持小分子sele，格式可以选择pdb、mol2等
在这里插入图片描述

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