文献解读|基于转录组-蛋白质组数据联合分析对煎蛋水母毒性评价、毒素筛选及其干预

TITLE：Toxicity evaluation，toxin screening and its intervention of the jellyfish Phacellophora camtschatica based on a combined transcriptome-proteome analysis
译名：基于转录组-蛋白质组数据联合分析对煎蛋水母毒性评价、毒素筛选及其干预
期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety
日期：2022年2月
下载链接：
https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2022.113315

研究介绍

多组学技术的应用为解决海洋有毒水母的物种鉴定、毒素筛选和有效拮抗物构象等三大问题提供了新的研究视角。本研究对煎蛋水母（Phacellophora camtschatica）进行了一系列基于转录组-蛋白质组的分析，并进行了毒性评估。通过形态学观察和细胞色素c氧化酶亚基I（CO1）分子比对，鉴定样品水母为煎蛋水母。研究从成功构建的转录组和蛋白质组中共获得25747个unigenes和3058个蛋白质，其中注释到GO和KEGG数据库的基因分别有6869个（26.68%）和6618个（25.70%）unigenes，以及2536个（82.93%）和2844个（93.00%）蛋白质。水母体内致死作用明显，多器官功能指标和体外活性显著增加。研究者从120种毒素相关unigenes中筛选出62个，包括16种金属蛋白酶，11种磷脂酶等。此外，使用红细胞模型进一步筛选了11种毒素，其中锌金属蛋白酶nas-15样（1）最丰富。最后，地尔硫卓（Diltiazem）大大提高了ICR小鼠的存活率，而EDTA略微延长了ICR小鼠的存活时间。

材料与方法

材料：
在上海的一个人工水族箱搜集水母，然后将活物运送到实验室，进行实验。

方法：
（1）生物信息学分析
所有组装的unigenes都使用软件DIAMOND进行NR、SwissProt、GO、KEGG数据库注释，所有的蛋白质整合数据库都使用de novo组装的转录组进行注释。从构建的转录组中收集细胞色素c氧化酶亚基I（CO1）序列，或通过NCBI核苷酸数据库在构建了目标序列和比对序列的fasta文件后，通过Neighbor-joining聚类法在MEGA7中进行系统发育树绘制。毒素筛选是基于Blastx（核苷酸到蛋白质）对NR和Swissprot等数据库进行转录组和蛋白质组的筛选。通过管家基因GAPDH计算各毒性蛋白及其相关unigenes的表达水平。

（2）生存分析
ICR小鼠（20±2 g）被注入PBS-diluted触手提取物