知识分享|转录组个性化分析(3)——富集弦图

       文献中通常会看到色彩绚丽的富集弦图，那么富集弦图具体有怎样的功能呢？如何绘制富集弦图呢？快来跟随小编一起来学习学习，有兴趣的小伙伴们可以拿自己手上的GO、KEGG富集的结果，动手尝试绘制一下吧！

1 富集弦图的功能

       通常我们做完差异表达基因筛选后，会使用柱形图或点图来展示通路富集分析结果，但柱形图或点图只能突出展示富集率而不能展示基因和通路的关系以及指示通路功能强弱的变化。而弦状图这种类型的图表通路富集弦图既显示了参与通路的基因有哪些，还按照变化倍数对上调/下调基因进行了排序；同时能够显示到底是哪些基因参与了何种通路，并将富集分析的通路按照强弱进行了排序。

       接下来，小编具体以GO富集结果，绘制GO富集弦图为例进行讲解。

2 安装加载R包

install.packages("GOplot")

library(GOplot)

3 准备数据

GO.list=read.table("go.enrichment.xls",sep ="\t"，head =T)

gene.list=read.table("DEG_up.xls",sep ="\t"，head =T)

gene.list<- gsu("/",",", gene.list)  # 用","替换"/"

      示例数据go.enrichment.xls即GO富集分析得到的结果，按照要求提取对应的列，要注意的是，“Genes"列所有的基因名用 “,” 分隔开；

      DEG_up.xls即差异性上调基因列表，我们需要的必要信息其实只有基因ID，表达量比值logFC.

      严格按照示例文件（如下图）内容准备分析所需文件

4 创建画图矩阵及画图

circ<-circle_dat(GO.list,gene.list)

chord <- chord_dat(circ, gene.list, GO.list$term)

pdf("chord.pdf",height =13,width =13)

GOChord(chord, space =0.02, gene.order ='logFC', gene.space =0.25, gene.size =5)

dev.off()

 5 结果展示