跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)

最新推荐文章于 2025-01-23 10:55:12 发布

木舟笔记

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文章标签：数据库编程语言人工智能 css html

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/details/116409822

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本文介绍了如何复现一篇2020年发表在Cell上的新冠研究文章中的蛋白质相互作用网络（PPI）分析。通过GeNets数据库，读者可以学习如何导入数据、构建网络图并进行聚类分析。文章提供了详细步骤，包括数据导入、节点和边的设置，以及关键基因和信号通路的识别。此外，作者鼓励读者动手实践，并在B站上提供进一步的互动和支持。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

9.PPI分析(GeNets数据库)

“实践是检验真理的唯一标准。”

“复现是学习R语言的最好办法。”

DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032

这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Supplemental Figure：蛋白质相互作用网络。

本文示例数据领取：后台回复“20210504”

读图

对于蛋白质相互作用网络图：

节点表示蛋白质，
节点的连线表示蛋白质之间存在相互作用，
节点的颜色表示基因的聚类
连线的颜色反映了相互作用类型，包括试验验证的或预测得到的，也包含直接物理作用、共表达、基因融合等关系。

蛋白质-蛋白质相互作用网络

蛋白质互作网络（Protein-Protein Interaction Networks，PPI）是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成，来参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。

常用的PPI分析数据库有STRING，bioGRID，然而在分析时其功能也是有一定的局限性。

这篇Cell使用的数据库名字叫做GeNets（网址：http://apps.broadinstitute.org/genets#）。这个数据库可以通过机器学习方法对差异基因进行分析，找出其关键基因以及信号通路；也可以通过聚类找到的差异基因进行聚类。

绘制

1. 打开并注册GeNets

http://apps.broadinstitute.org/genets#

2. 导入数据

210503_2

3.开始作图

210503_3

4. 调整

去掉Not Assigned基因。

下载节点信息数据

210503_4

删去Not Assigned 基因

210503_5
把剩下的基因粘贴回去重新分析。

5. 设置并导出

210503_7

对图片进行设置。大家动动手就知道每个项目是什么意思了，这里就不细说了，后面会在视频里讲的详细点。

210503_6

写在后面：

本系列重在复现，所以有些细节可能讲的不是很详细。大家有问题可以后台私信，或者在我的B站：木舟笔记进行互动！制作不易，希望大家多多支持！

往期内容：

跟着CELL学作图|1.火山图

跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验

跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验

跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图

跟着Cell学作图 | 5.UMAP降维分析

跟着Cell学作图 | 6.时间序列分析(Mfuzz包)

跟着Cell学作图|7.富集分析(Metascape数据库)

跟着Cell学作图|8.富集分析网络图(Cytoscape/ClueGO)