新的一年到了,到了该更新数据库的时候了,首先就从常用的annovar软件以及所使用的数据库开始更新吧。
1.下载最新版的annovar软件,annovar.latest版本,需要一个edu的邮箱。
2.下载注释所用的数据库,官网上太多,可以根据需要自行下载,比如下载hg19版本的, clinvar数据库更新到20190305版本了,但是NCBI数据库已经更新到20191223了,可以自己下载后转化为annovar可用的格式。
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGene humandb/
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGeneWithVer humandb/ #下载加withVer版本的参考基因文件可以在注释时转录本带上相对应的版本号.1
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb cytoBand humandb/
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar exac03 humandb/
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar avsnp147 humandb/
$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annov