Ubuntu虚拟机
## 安装freesurfer参考:
https://blog.csdn.net/uinglin/article/details/79541063
Linux平台安装官方教程:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki//FS7_linux
PS:在获取license时我翻墙才获得,不翻墙在提交时注册不了,因为刷不出来“I am not a robot"的验证图片。
将下载的license.txt 放到freesurfer文件夹中。
在~/.bashrc文件中添加
$ export FREESURFER_HOME=$HOME/freesurfer
$ source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
这样每次使用source ~/.bashrc命令使环境变量生效
## 安装matrix3可以参考:
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/installation/build_from_source.html#install-dependencies
mrtix3问题1:./configure
/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory
解决:因为我安装的是python3,可以安装python2,也可以使用命令:
python3 configure
python3 build
## fsl安装参考:
https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/Linux