PLOS_ONE_Genome-Wide Analysis of Long Noncoding RNA (lncRNA) Expression in Hepatoblastoma Tissues

PLOS_ONE文章复现
Genome-Wide Analysis of Long Noncoding RNA (lncRNA) Expression in Hepatoblastoma Tissues

目的 对肝癌母细胞瘤进行全基因组分析
采用4*180K的LncRNA的芯片以及Sureprint G3 Human lncRNA Chips.并且采用qRT-PCR进行验证。
差异的LncRNA和mRNA采用FC进行过滤，并通过标准富集法进行了GO和通路分析。通过复杂的转录位点分析了LncRNA和邻近的蛋白编码基因之间的mRNA之间的关系。

在这些差异基因中找到2736个差异的LncRNA，其中1757个LncRNA上调倍数大于2，下调的有878个LncRNA，在这些差异表达的LncRNA，找到了120个LncRNA和132个编码基因的LncRNA与mRNA的共表达网络420个，在者420个共表达网络中，正相关的表达网络有369个，51个表达网络负相关。最后通过qRT-PCR技术在肝母细胞瘤和表皮细胞系EMS1中进行了验证，找到了6个上调和下调的LncRNA。

提取的总的RNA，然后用ND1000分光光度计进行定量，测定浓度，然后用琼脂糖凝胶电泳进行RNA的完整性检验。

作者在文章中采用的Long RNA Transcription 芯片，包含两种，其中的一个是由Agilent Technologies生产的Human 46180 K
lncRNA arrays ，另一种是Sureprint G3 Human lncRNA Chip。

RNA的标记和杂交(RNA labeling and array hybridization)
使用Agilent生产的单色的splik in kit 将每个组织样本使用200ng的总的RNA进行逆转录形成cDNA，然后采用低输入的快速Amp单色试剂盒进行对RNA进行标记，在进行随后的芯片杂交以及，对过多的核酸进行清除等工作。

Gene功能分析。