参考基因组及注释文件如何下载？

从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件

0.人类基因组版本对应关系

NCBI	Ensembl	UCSC
GRCh36	release_52	hg18
GRCh37	release_59/61/64/68/69/75	hg19
GRCh38	release_76/77/78/80/81/82	hg38

 1.NCBI

人类基因组

GRCh38（默认）：

文末

GRCh37：

文末

GRCh36及其他版本：

文末

 

常用的GRCh37基因组大小压缩约900Mb，解压后约3G。人类的注释文件一直在更新，默认为GFF3格式。gff和gtf格式文件关系及相互转换见：

也可以通过NCBI的genome数据库下载，默认是GRCh38，若要下载其他版本，直接检索关键词。

如输入GRCh37或hg19：

 

 

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