【教程】如何在ncbi下载基因组序列

最新推荐文章于 2025-03-18 15:33:54 发布
最新推荐文章于 2025-03-18 15:33:54 发布
阅读量570 收藏
点赞数 4
文章标签： 深度学习
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_45026226/article/details/146042176
版权

①进入ncbi官网，搜索植物的拉丁名或者英文名。在搜索结果里，点击assembly对应的records number数字
②点击GFF右边的三个小点，在里面选择download refseq
③下载genome sequences和annotation features这两个文件（其中fasta文件是此物种全基因组序列，gff是全基因组序列的注释文件）

如何从NCBI下载基因组数据
dej0257的博客
11-24 5557
本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如：我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组，想从NCBI下载。 原文提供的信息是： This Whole Genome Shotgun project has been deposited at DDBJ/EMBL/ GenBank under the ...
ncbi-genome-download批量下载基因组数据
hgz2020的博客
10-11 8610
ncbi-genome-download
NCBI（美国国家生物技术信息中心）---使用教程
07-19
NCBI（美国国家生物技术信息中心）是生物信息学专业的学生必须熟知的数据库。压缩包里有两个PDF文档，一个简要的，一个详实的，自己根据需要来选择学习吧。
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
热门推荐
m0_55059521的博客
05-04 1万+
从NCBI上快速下载目标物种基因组序列、获取SRA数据信息
数据下载（1）：NCBI下载文献中的基因组
最新发布
weixin_57129211的博客
03-18 834
如何从NCBI下载文献中的测序原始数据
如何从NCBI上的Gene数据库批量下载基因序列数据
qq_65680034的博客
03-01 1万+
昨天先尝试了python脚本，为了保险起见，先编写了下载一个基因的压缩包数据，后续批量下载只需改一下ID的提供。但是比较有趣的是与官网直接手动下载相比，我编的程序下载的数据刚刚好缺了我最想要的gene.fna数据，也就是做了大半天无用功，真是drama哈哈哈。实现，但是通过Gene和Nucleotide数据库进行检索得到的结果不同，即Gene数据库检索结果不能直接得到fasta序列，它需要手动点击Download Datasets键获得基因数据压缩包，里面包含基因的fasta序列gene.fna文件。
从 NCBI 批量下载基因组文件
Xylonwin的博客
09-02 3642
一个简单的思路通过 Bash 脚本从 NCBI 的 FTP 服务器批量下载基因组文件，无需任何依赖
从 NCBI 上下载基因组、cds、pep以及注释文件以大黄鱼为例
Vicbear的博客
10-17 3400
选择genome 后面搜索栏输入该物种拉丁学名。选择download下载基因组。选择下载的基因组及其注释文件。
在NCBI的Genome数据库中下载的全基因组
XIUXIU179的博客
10-17 3644
在筛选后的结果中，浏览你感兴趣的诺卡菌物种或菌株，点击对应的“Assembly”链接，进入详细信息页面。通过这些步骤，你可以成功从NCBI的Genome数据库中下载诺卡菌的全基因组数据并进行分析或其他研究。找到页面上显示的“Download”部分，通常位于页面右上方或者靠近数据表格的地方。你可以根据需要选择下载FASTA格式的全基因组序列或GenBank格式的注释文件。如果你需要下载多个XX的全基因组，可以利用NCBI的批量下载工具（例如。在详细页面中，你可以查看该基因组的组装信息、注释数据等内容。
如何向NCBI上传线粒体基因组序列
qq_50637636的博客
04-11 4330
如何向NCBI上传线粒体基因组序列 进入Banklt主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&session=new&tool=genbank 点击Start Banklt Submission 填写个人联系方式 邮箱最好填写学校或者单位邮箱，qq、163邮箱存在接收不到NCBI工作人员通知的可能。 自上至下，依次是填写序列作者信息，文章未发表的话填写文章草拟的标题，已接收或已发表就写文章标题，作者都有谁
参考基因组序列下载和转录组数据过滤
BioinfoDu
03-17 1229
这个教程也是前面《转录组上游分析》系列教程的中内容，我们今天单独的给作为一个章节来推送出来，因为，并不是所有人都是有这个系列教程有需求，可能你只是对某一个章节的内容感兴趣呢？
ncbi-genome-download在NCBI上批量下载基因组
xq_ing的博客
10-12 3997
ncbi-genome-download在NCBI上批量下载基因组
linux下下载基因组程序,从 NCBI 批量下载基因组的方法
weixin_33372672的博客
05-03 2275
先下载 assembly summary filesThe assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site.Four master files reporting data for either GenBank or RefSeq genome assembl...
ncbi查找目的基因序列_如何使用 NCBI 查找基因序列、mRNA、Promoter
weixin_32352213的博客
12-30 3946
有不少人询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用 BLAST 进行序列比对...... 其实这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。我将结合我自己使用 NCBI 的一些经历跟大家交流一下 NCBI 的使用。主要有以下四部分内容：如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列运用 STS 查找已经公布的引物序列如何运用 BLAST 进行序列比对...
NCBI基因组下载工具（最终版？）
LSD_1943的博客
07-27 2011
搁置了很久的项目，趁着最近有空终于把它给做完了，完结撒花🌸项目链接如下，在Linux系统下运行最佳（Mac可能在使用Rsync会有问题）该脚本便于从 NCBI Genank/Refseq 上批量下载基因组数据，可以根据需求选择下载格式，采用Rsync工具并行下载。
linux下载NCBI基因组数据
k7586556的博客
10-12 1776
fastq-dump --gzip --split-3 SRR25474921.sra，#使用fastq-dump将sra转换为fastq格式，--split-3 参数可以把双端测序的reads提取出来，左端标示为*_1.fastq；右端标示为*_2.fastq。安装之后转到NCBI网页搜索需要的数据或者到SRA数据中查找，我下载的是SRA数据库中的SRR25474921（SRA中是原始测序数据）prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt #下载多个SRA文件。
ncbi批量下载蛋白序列和基因序列
weixin_50180187的博客
11-28 3654
这个包提供根据assession number来批量下载多条序列，如果各位想知道具体用法，可以--h看看功能，我这里就不具体阐述；ncbi虽然有提供批量下载蛋白序列和基因序列的方法，但是一次性最多好像只能下载300条序列，，但是对于我们生信分析来说，有点不够用了，因为平时 可能需要下载几百、上千条序列；这就是批量下载基因序列和蛋白序列得方法了，如果有啥问题，可以留言，我会及时回复得！如果去ncbi下载，得下到猴年马月去，所以果断使用python脚本来获取；我们这里可以看到总共需要300多万的序列；
批量从ncbi下载线粒体基因组，几句话让cursor写一个自动化的python脚本，替代了我原本一天的工作量
小葱碎碎的播客
01-12 443
脚本和测试我放到我的公众“小竹读研在养鱼”上面了，有需要的可以在后台回复“mit download”,在文末获取。
R语言处理细菌全基因组序列文件
06-02
处理细菌全基因组序列文件可以使用R语言中的一些生物信息学工具包，比如Biostrings、GenomicRanges和GenomicFeatures等。以下是一个简单的处理步骤： 1. 读取FASTA格式的细菌基因组序列文件，并将其转化为DNAStringSet对象。可以使用Biostrings包中的readDNAStringSet()函数来完成： ``` library(Biostrings) genome_seq <- readDNAStringSet("bacteria_genome.fa") ``` 2. 对基因组序列进行质量控制和过滤。可以使用一些开源软件，比如Trimmomatic、FastQC等。这里不再赘述。 3. 对基因组序列进行基因预测。可以使用一些软件，比如Prodigal、GeneMark等。也可以利用R语言中的工具包，比如GenemarkR、RASTR等。 4. 对基因组序列进行注释。可以使用一些数据库，比如NCBI的NR、SwissProt等。也可以使用R语言中的工具包，比如biomaRt、AnnotationForge等。 5. 对基因组序列进行进化分析。可以使用一些软件，比如PhyML、RAxML等。也可以使用R语言中的工具包，比如ape、phangorn等。 以上是处理细菌全基因组序列文件的基本步骤，具体的实现方法和细节根据具体情况而定。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值