2021年01月_科研小行星

转载如何快速直接从Web of Science下载文献，保存到Endnote

曾经的文献搜索步骤繁琐，Endnote公司终于做了一个亲民的插件：Endnote Click！亲测好用。传统文献检索和下载方式：在Web of Science等大平台搜索→找文章的链接→找文章的PDF网页→下载文章→导入Endnote，这些步骤极其繁琐，有时候导入Endnote文献格式会乱码。用Endnote Click这网页插件就简单了：Web of Science搜索→点击链接→Endnote Click直接找到PDF，保存到Endnote！案例介绍剩余...

2021-01-29 17:16:36 9709

转载中药免疫肿瘤学数据库，TCMIO使用指南

免疫肿瘤学的发展使免疫疗法成为癌症治疗的有力工具。目前，在肿瘤免疫治疗中开发的大多数药物是阻断T细胞检查点受体及其同源配体的单克隆抗体。然而，并非所有患者都能从这些药物中获益，而且它们存在一定的副作用。为了解决这些问题，小分子方法已被提出作为辅助治疗，它是生物制剂的补充，并显示出潜在的协同效应。小分子可以调节适应性和先天免疫系统，并最终影响肿瘤微环境中事件的进程。与生物制剂相比，小分子药物具有可行性高、肿瘤微环境暴露量大、剂型多样、成本低等优势。这些优点说明小分子在肿瘤免疫治疗中存在机会。研究表明，中...

2021-01-29 17:11:37 1499

转载基因在细胞系当中的表达数据库，CCLE使用简述

相信大家都听说过CCLE（Cancer Cell Line Encyclopedia）。简单来说，这个数据库做了很多细胞系当中基因表达、突变、拷贝数以及DNA甲基化的结果。利用这个数据库我们可以了解一个细胞系当中某一个基因的基本情况。那么这么丰富的数据要如何使用呢？下面我们简单介绍一下。根据官网链接进入主页面，如下图所示：输入基因名或者细胞系名后检索即可。这里我们以基因YTHDF1为例，输入后提交。可以看到YTHDF1的相关信息简介及通往其他外部gene数据库的链接。...

2021-01-29 17:10:17 10150

转载跟正刊学习SCI英文写作——摘要部分的拆解

学术英文写作能力对于每一位科研从业者都至关重要。实验如鱼得水，数据丰富高大上，再配上准确清晰的英文写作，方能在学术界行走自如。而词汇是英文写作的基础，丰富的词汇量不仅能增加文章表达的多样性，更可以提高描述的准确性以及文章的可读性。目前市面上已有各种秘籍介绍写作套路，通常都是简单罗列意思相近的词汇。为了避免生搬硬套导致的表达生硬、意思模糊等问题，笔者从正刊论文入手，通过精读拆解发表在顶级期刊上的论文，梳理学术英文写作的逻辑，同时归纳总结常见语境下的表达方式，希望能对读者英文写作有所启发和助益。..

2021-01-29 17:08:42 183

转载开题报告之可行性

开题报告是指开题者对科研课题的一种文字说明材料。这是一种新的应用写作文体，这种文字体裁是随着现代科学研究活动计划性的增强和科研选题程序化管理的需要而产生的。　　开题报告一般为表格式，它把要报告的每一项内容转换成相应的栏目，这样做，既便于开题报告按目填写，避免遗漏;又便于评审者一目了然，把握要点。　　通过开题报告，开题者可以把自己对课题的认识理解程度和准备工作情况加以整理、概括，以便使具体的研究目标、步骤、方法、措施、进度、条件等得到更明确的表达;　　开题报告的可行性研究的内容需包含：投资必要性、

2021-01-29 17:06:00 766

转载蛋白相互作用数据库，STRING使用指南

对于基因组数据分析而言的话，我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。蛋白相互作用分析的数据库有很多，至于为什么选择STRING，还是在于其强大的可视化，以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时，还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下STRING数据库如何使用吧~基本检索我们在打开数据库之后，在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。如果我们有一个目标蛋白，想要查看这个蛋...

2021-01-29 17:04:42 4632

转载细胞冻存及细胞计数的技巧

成功冻存细胞和复苏细胞是细胞培养研究的两个重要方面，细胞本身的特性和细胞低温储藏时防止冰晶形成是维持细胞活力的关键。1.冻存“年轻力壮”的细胞为保证细胞在复苏后，有良好的增殖能力，建议冻存传代三代以内的细胞。俗话说得好，年轻人的恢复能力是杠杠滴！细胞亦是如此~2.在冻存之前一定要先了解清楚该细胞的增殖呢李并冻存适当数量的细胞每种细胞的增殖能力各不相同，知己知彼才能百战不殆。如果增殖能力不高，可以在冻存细胞时，用10%-90%的血清（多数常见细胞株可用20%）维护细胞活力，并且提高每份冻.

2021-01-29 17:03:34 2595

转载国自然申请初审中的注意事项

现在很多单位都要求各位申请者，在国自然系统上填写标书了。这个时候各个单位的科研科老师可忙了，需要为全院的申报书做形式审查，她们的形式审查的经验也都是来自于国自然初审不合格的标书中吸取教训的。今天小编总结了一些国自然标书初审不合格的原因，并做了细致的分析，供大家参考，从而让大家“避雷”。以往标书初审不合格的主要原因有以下方面：1）申请代码或研究领域选择错误。这个是非常要命的，这是很多小白申请者，直接初审挂掉的原因。不明白的，要多问前辈，或同领域的专家。2）不属于项目指南资助...

2021-01-29 17:02:36 992

转载 Origin绘制大小和颜色可变的3D散点图

本期课程学习使用Origin 绘制大小和颜色可变的3D散点图，所用Origin版本为OriginPro 2019b。1. 导入如下图所示的一组数据，原始数据共有340列，这里只展示到了25列，并将C列设为Z。2.选中A-C三列数据，单击菜单命令绘图，选择3D，单击3D 散点图，或者点击3D Graphs工具栏上的3D 散点图。3.双击散点图，在弹出的绘图细节-绘图属性窗口左侧中选择进入原始数据层次，选择进入符号子层次，大小选择E列，缩放因子设为0...

2021-01-29 17:01:43 13088

转载肿瘤分析数据挖掘及信息解读

肿瘤基础特点：疾病，无线增殖基因相关细胞进化过程中发展异常，突变积累概念： germline mutation: 生殖细胞突变 somatic mutation: 体细胞突变，不可遗传 driver mutation 关键突变 passenger mutation 无关紧要二次打击学说：生殖细胞和体细胞突变双重打击引发，体细胞积累起关键。所以后续主要是以体细胞突变研究为主。癌症基因组研究趋势：小样本WES——大样本m

2021-01-29 17:00:48 657

转载生存分析中输出研究人群在指定时间的存活概率

前段时间有个读者问我一个问题，怎么输出生存分析中研究人群在某个时间点的存活概率。下面我们来看看怎么输出。首先生存分析可以使用survival包，使用包里的colon数据集演示。library(survival)#加载包data(colon)#加载数据集View(colon)#查看数据集#拟合生存模型fit<-survfit(Surv(time,status)~sex,data=colon)summary(fit)#输出信息...

2021-01-27 23:35:05 591

转载 KOBAS数据库使用指南

KOBAS（KEGG Orthology Based Annotation System），，是由北京大学魏文丽课题组开发的数据库，主要功能是用于基因/蛋白质功能注释和功能富集。随着数据量不断增加，KOBAS至今为止共经历了3次升级，除了1.0版本的KEGG代谢通路之外，2.0版本增加了PID Curated，PID BioCarta，PID Reactome，BioCyc，Reactome和Panther等数据库，除此之外还增加了疾病的查询，使得KOBAS的功能更加强大。而3.0版本更是增加了lncRNA

2021-01-27 23:33:40 7088 2

转载一些影响SCI论文接收的技术性问题盘点

你的论文中是不是也有过这些问题：•过分声称你的文章"绝对新颖、创新"• 用一些绝对化的词汇如absolute, sure, guaranteed•过分贬低他人的工作•夸大你的工作结果• 论文题名过长，使用一些不必要的冠词和说明性冗词，如：research on, studies of, review of, investigation of 等•写作罗嗦不简洁，滥用长句•主语和动词离太远、悬垂结构问题•不注意强调位置•时态...

2021-01-27 21:51:10 141

转载全网最全！2021最新常用肿瘤生信数据库收藏级汇总！

今天小编为大家分享的是全网最全的肿瘤生信分析的数据库合集！小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天小编先为大家分享前5类。在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐使用的数据库，但却已不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！数据库分类综合性肿瘤数据库肿瘤转录组数据库基因组数据库遗传变异数据库 DNA甲基化数据库...

2021-01-27 21:38:00 1064

转载过氧化物酶体：铁死亡的的新玩家

导读最近在《自然》杂志上发表的一篇论文。据报道，过氧化物酶体，膜结合的氧化细胞器，通过生物合成血浆原来促进脂质过氧化，从而导致铁下垂。这些观察结果为铁眼症细胞死亡的脂质代谢基础提供了新的见解。论文ID题目：Peroxisome: the new player in ferroptosis译名：过氧化物酶体：铁死亡的新玩家期刊：Signal Transduction and Targeted TherapyIF：13.493发表时间：2021.11.24通讯作者...

2021-01-25 13:31:46 1480

原创医学科研如何快速掌握R语言？

什么是R语言R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。简单来说，R是一门统计计算语言，是一套开源的数据分析解决方案。R语言的诞生R语言是从S语言演变而来的。S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka，.

2021-01-25 13:29:39 837

转载 R语言forestmodel包使用教程

看下R包介绍，这个包可以基于回归模型的结果绘制森林图，这个回归结果包括逻辑回归和Cox回归模型。下面来学习下这个包。1. 安装和加载R包安装R包可以直接从CRAN上安装。install.packages("forestmodel")library(forestmodel)library(survival)#cox回归模型需要library(dplyr)#处理数据需要2. 加载演示数据集使用colon数据集进行演示。data(colon)#加载数据集str...

2021-01-25 13:27:10 2084

转载 GraphPad Prism 教程，如何在坐标上放置2条生存曲线

我们常常需要在同一坐标系中放置2条或多条ROC曲线，以便于直观比较。针对同一批病人，存在两个不同诊断标准（A是现有标准，B是新研究的标准），现在想比较一下二者的区别。因此，分别采用A和B对这些病人进行诊断，形成了两套数据，并已录入GraphPad中（生存曲线绘制教程，点击查看），如下：（曲线A ↑）（曲线B ↑）现在要做的就是如何将曲线A和曲线B整合到一个坐标系之中，这样才能看出差异。1. 双击曲线A图像中的空白处，等待Format Gr...

2021-01-25 13:25:02 3043

转载 SnapGene教程，限制性内切酶克隆(Restriction Cloning)

限制性内切酶克隆(Restriction Cloning)是一种常见的克隆技术，其中限制性内切酶(Restriction Enzymes)用于准备连接的插入物(Insert)和载体(Vector)，如下图，SnapGene提供了一个模拟限制性克隆的直观界面。可以提前设想一个试验流程，这样在SnapGene上模拟只需要几秒钟就能搞定。快速发现克隆过程是否存在设计缺陷，并在真正试验进行前纠正它们。限制性克隆有哪些技巧？限制性克隆虽然传统，但在很多...

2021-01-25 13:23:08 2901

转载 Mac版Endnote X9在word中无法插入文献怎么办？

Office请安装2016的版本或者2019版，2016之前的版本太老不支持，请尽量下载新版的office，才能更好的匹配，目前支持最新的office版本是Office 2019 for Mac v16.44。如果其他都正常，但是插入不了文献，可以通过设置下面的方法试试。打开Word，随便打开一个文档，找到Endnote选项卡（如果连选项卡都没有显示请查看：这里），点Preference -> Applications然后将Endnote online改为Endno...

2021-01-25 13:21:40 6473

转载超全荧光定量PCR应用常见问题

实时荧光定量技术是什么20世界90年代由美国Applied Biosystems公司推出实时荧光定量PCR技术（Real-time qPCR），其基本原理是在常规PCR基础上添加荧光染料或荧光染料探针，利用荧光信号积累实时监测整个PCR过程。荧光定量PCR最大的优势可以对初始模板进行定量，目前已广泛应用于生命科学、医学研究等领域。小编总结荧光定量PCR常见问题打包给各位，现整理如下，请大家批评指正。常见问题罗列没有CT值实验结果一旦遇到没有Ct值情况，就要在第一时间排...

2021-01-24 19:44:23 1917

转载肿瘤动物模型中需要注意的伦理问题

肿瘤学是亘古不变的科学研究，通常用细胞学、动物学以及临床标本进行研究。其中动物实验已成为肿瘤科学和抗肿瘤药物研发必不可少的重要环节。随着人类伦理道德发展和实验数据准确性的需要，实验动物的伦理日益被全球科研界重视。为此科学界设立了实验动物使用和管理委员会（Institutional Animal Care and Use Committee，IACUC）及实验动物福利伦理审查制度，要求动物实验遵守作者所在机构的IACUC的规章制度进行。大家发SCI文章大多都包含动物实验，那么你的动物伦理是..

2021-01-24 19:43:22 7292

转载 GraphPad Prism多数据处理实用技巧

众所周知，数据统计图是论文或学术PPT的重要组成部分，而GraphPad Prism制作统计图是很便捷的。我强烈推荐大家使用。我以前告诉大家，GraphPad Prism图像导出方法是从软件的左上角File处点击Export导出，得到一张图，然后再手动将图插到word中使用。这是一种常规方法。但是很多时候，如果论文版本太多或者数据需要不断的整合时，我们常常无法搞清楚Word中统计图对应的原数据到底在哪？非常不便于我们调整和修改，甚至稍不注意就会出错。...

2021-01-24 19:42:05 5607

转载通过相似性或相异指数的数值分布比较群落Beta多样性高低

在基于高通量测序的微生物群落分析中，若提到如何描述不同群落β多样性是否存在差异或者评估组内或组间的差异程度，我们通常可以想到很多方法，这些都是描述群落β多样性特征的常见分析。例如，一般我们首先会基于微生物分类群丰度数据计算不同群落样本间的成对相似或相异矩阵，然后通过PCA、PCoA等观察不同组的群落样本是否沿特征轴具有明显的分界，或者通过聚类分析观察不同组的群落样本是否划分到不同的聚类簇中，以及通过一些统计检验方法如PERMANOVA等确定不同群落在物种组成方面的差异显著性，等等……那么，如果想通.

2021-01-24 19:39:03 2713

转载临床医生如何解读Meta分析论文？

Meta分析是翻译自英文meta-analysis，其中“Meta”一词源于古希腊文，意指将事物综合起来观察。Meta分析的概念最早由Light和Smoth于1971年提出，是一种对不同研究结果进行合并分析的方法[1-2]。在医学研究中，Meta分析常用于研究结果的合并，最常见的是随机对照试验（RCT）结果的合并，该方法逐渐发展为循证医学的主要研究手段之一。Meta分析的基本步骤明确研究问题制定检索策略筛选纳入文献提取数据...

2021-01-24 19:37:49 1037

转载如何毕业后继续白嫖知网

今日，笔者就将此文献给毕业后无法继续使用学校数据库的科研新手。使用前提：所在省市的大型图书馆购买了数据库资源（一般都有）。使用读者证号登录图书馆官网的核心优点：（1）不限地点：不用蹲守图书馆，写此文时我就是在家中登录的；（2）不限形式：端正在书桌前用电脑端或躺在沙发上用手机端均可操作；（3）无需付费！便可畅享已购数据库！如何测试所在省市是否适用？（1）线上注册读者证：打开手机「支付宝」软件，搜索自己省市的大型图书馆，如「北...

2021-01-19 15:34:15 4738

转载 GraphPad Prism 教程：标准差与平均值的标准误差有什么区别

之前已经推送了关于标准差（SD）、平均值的标准误差（SEM）的介绍文章，今天将重点介绍一下标准差（SD）和平均值的标准误差（SEM）之间的区别、什么场景下需要绘制SD或SEM图形？开始之前，我们先复习一下之前的内容：相关阅读：GraphPad Prism 统计教程 | 标准差GraphPad Prism 统计教程 | 平均值的标准误差SE和SEM是一回事儿吗？不是一回事儿！标准偏差（SD）与平均值标准误差（SEM）之间很容易混淆。主要区别在于：...

2021-01-13 14:41:31 6522 1

转载 GraphPad Prism教程：对数正态分布，几何均值，几何SD因子

对数正态分布关于对数正态分布的几个关键点：当变化是由加和在一起的多个散点来源引起时，就会出现高斯分布。相反，变化是由于多个乘法的多个散点来源引起时，出现对数正态分布；对数正态分布中的所有值均为正值。在对数正态分布中，不可能使用负值和零；对数正态分布在生物学中很常见；对数正态分布是不对称分布。许多值非常相似，而一小部分值要大得多。你可在下图左侧看到该结果；在对数轴上绘图时，如上图右侧所示，分布是对称分布；如果你不知道对数正..

2021-01-13 14:32:29 3423

转载 RBPsuite RNA-蛋白质结合位点预测工具使用指南

RNA结合蛋白（RBP）在各种生物学过程中都起着至关重要的作用，它们在RNA上的结合位点可以深入了解涉及RBPs的疾病背后的机制。因此，如何识别RNA上的RBP结合位点对于后续分析至关重要。今天，小编就给大家介绍一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站：RBPsuite，这是一个易于使用的网络服务器，用于预测线性和环形RNA上的RBP结合位点。RBPsuite首先将输入的RNA序列分割为101个核苷酸的片段，并对片段与RBP之间的相互作用进行评分。RBPsuite进一步检测结合片段上已验证的基

2021-01-09 23:22:41 5886 1

leroylee7的博客