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RSS订阅原创 EMOPEC--ViennaRNA-RNA结构预测
开源代码时，需要安装一个软件VeinnaRNA，VeinnaRNA有程序包（https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/），也可pip安装（https://pypi.org/project/ViennaRNA/）。在windows中安装上EMOPEC，运行后报错：没有ViennaRNA软件；
2023-07-06 15:09:36
386
原创 cif文件转为pdb文件
软件开源免费，是一款先进的分子可视化、分子编辑器工具，专为计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学和相关领域的跨平台使用而设计。它提供了灵活的高质量渲染和强大的插件架构。操作 Build —> Super Cell Parameters后，得到单层的超多分子结构，保存成pdb文件即可用pymol、Discovery Studio打开。使用软件Avogadro，步骤：Build —> Super Cell Parameters。
2023-06-29 15:44:34
1453
原创 1. Lammps 安装-简单运行
从lammps官网下载windows版本的程序：https://packages.lammps.org/windows.html，在Installing LAMMPS on Windows 标题下点击“64-bit Windows download area”，下载程序，我下载的是“LAMMPS-64bit-Python-latest-MPI.exe”，双击程序即可安装。
2023-05-22 17:10:36
1915
原创 Bad Request:Your browser sent a request that this server could not understand.
windows网站访问遇阻
2022-11-03 15:29:09
3565
原创 BLAST Database error: No alias or index file found for protein database
blast数据库
2022-07-11 11:36:09
2153
原创 仲辛醇/水体系的界面现象
搜索油水界面动力学模拟时，看到论坛中有一篇仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比，博主没有给出模拟结果，我自己试了一下：仲辛醇和水会出现界面。下面是我模拟过程添加100个仲辛醇分子和4000个水分子，力场是charmm27。#gromacs运行命令gmx insert-molecules -ci oct_GMX.gro -o complex.gro -box 7 7 7 -nmol 100gmx solvate -cp complex.gro -o solv.gro -p
2022-05-30 14:36:30
339
原创 pymol作图-ΠΠ堆叠
利用pymol画出ΠΠ堆叠效果图以及距离：在这之前要在pymol下面放一个名为center_of_mass.py的脚本，或者复制下面命令行保存成center_of_mass.py也可以。关于放脚本的文件夹：我是用conda安装python38环境，center_of_mass.py放到 path\anaconda\envs\python38\Lib 下即可'''See more here: http://www.pymolwiki.org/index.php/center_of_massDESC
2022-03-25 18:00:52
5299
原创 pymol作图-氢键
动力学模拟轨迹转为pdb格式命令，从而用pymol分析gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o md_cluster_whole.xtc -pbc cluster -centergmx trjconv -f md_cluster_whole.xtc -s md.tpr -n index.ndx -fit rot+trans -o md_cluster_fit.xtcgmx trjconv -f md_cluster_fit.xtc -o md_.
2022-03-25 17:20:47
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原创 pymol安装
pymol 有开源版的，今天记录一下自己安装过程：先安装Anaconda，从网址下载后，直接安装就行；等anaconda安装好后，创建python38的环境，安装pymol；win+R 打开win的命令行：#####Microsoft Windows [版本 10.0.19043.1586](c) Microsoft Corporation。保留所有权利。C:\Users\86183> conda create -n python38 python=3.8............
2022-03-25 16:32:18
2983
2
原创 从blast数据库中批量下载-Aspera
最近需要下载blast数据库，用wget几十K太慢了，网上搜索后发现有一个数据告诉下载工具Aspera官方网站参考两篇知乎上两篇文章：Aspera参考1、Aspera参考2在Linux我习惯首先用conda，如果没有conda安装，再考虑安装源码（conda实在太好用了）(base) [user@localhost blast]$ conda install -y -c hcc aspera-cliCollecting package metadata (current_repodata.json)
2022-02-25 16:51:20
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原创 linux安装chimera，遇到ImportError: libXss.so.1: cannot open shared object file，解决办法
在服务器上安装chimera，遇到ImportError: libXss.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory，解决办法参考苏南大叔博文[wks@localhost software]$ ./chimera-1.16-linux_x86_64.binUnZipSFX 5.41 of 16 April 2000, by Info-ZIP ([email protected]).Original path:
2022-01-24 09:56:09
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原创 ZDOCK -- libg2c.so.0: cannot open shared object file
在Centos7上运行ZDOCK，遇到报错： [user@localhost zdock3.0_XL_linux_64bit]$ ./mark_sur P37108_u.pdb.ms new.pdb./mark_sur: error while loading shared libraries: libg2c.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory查找 /usr/lib 、/usr/lib64目录下没有libg2
2021-10-18 14:43:03
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原创 粗粒化反向映射-- Martini- Backward
initram-v5.sh、backward.py两个脚本用chmod +x initram-v5.sh/backward.py，更改成可执行文件。在python2环境下进行操作，才可以
2021-09-24 14:42:14
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原创 粗粒化-- Martini-- ‘[moleculetype]‘ Invalid order for directive moleculetype
[user@localhost bilayer-lipidome]$ gmx grompp -f minimization.mdp -c 128_noW.gro -p dppc.top -o dppc-min-init.tpr :-) GROMACS - gmx grompp, 2021.1 (-: GROMACS is written by: Andrey Alekseenko
2021-09-23 09:34:46
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原创 shell-判断是不是文件夹
思路：先遍历该目录下所有文件\文件夹，获得文件名其次获得该文件名的路径最后判断是否是文件夹，是文件夹继续执行操作#!/bin/bashfor file in *do file_path=`pwd` #反引号 dir_name="$file_path/$file" if test -d $dir_name then mkdir $file/analysis fidone反引号
2021-08-13 14:06:07
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原创 Win10_Anoconda装Rdkit
RDKit 是一个用于化学信息的开源工具包，可以对化合物生成描述符和指纹图谱，用python进行调取。之前在pycharm中装rdkit和rdkit-pypi都失败没装好，其中rdkit对python版本有要求，rdkit-pypi (github)只能装到Linux和mac OS上。在Anoconda上...
2021-08-06 10:58:29
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原创 Rosetta基础3：ligand docking
(base) [user@localhost ligand-docking]$ /usr/local/python-2.7.16/bin/python2 $ROSETTA/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 3pbl.pdb AFound existing PDB file at 3pbl.pdb3pbl A 432 --- --- MOD --- OK>3pbl_AYALSYCALILAIVFGNGLVCMAVLKERALQTTTNYLVVS
2021-08-04 18:03:09
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1
原创 Rosetta基础2：preparing ligand
Rosetta是基于残基，也就是说Rosetta不把原子单独对待，而是把它们看作一个完整的化学实体。为了实现这个目标，Rosetta必须知道键长、键角以及其它性质。对标准残基和小分子残基模型都是必须的。Rosetta在params文件中对残基的性质进行编码。Rosetta数据库包含常见氨基酸残基和小分子残基的parmas文件。当我们添加新的配体时，需要生成新的parms文件。What is a Params Fileparams文件包含残基的几何形状和化学特征的信息，为了让Rosetta理解怎样运行这个
2021-08-04 17:32:39
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原创 gmx_MMPBSA--计算蛋白-配体自由能及能量分解
GitHub中gmx-MMPBSA的蛋白-配体自由能计算命令：[user@localhost gmx-mmpbsa]$ mpirun -np 2 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs com.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct com_traj.xtc -rs rec.pdb -ri rec_index.ndx -rg 1 -rt rec_traj.pdb -lm ligand.mol2 -ls lig.pdb -li lig_index.ndx
2021-07-28 17:42:25
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原创 gmx-MMPBSA — error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file
操作系统Centos8运行gmx_MMPBSA时，出现error while loading shared libraries: libgfortran.so.3: cannot open shared object file错误：[userrr@localhost gmx_MMPBSA]$ gmx_MMPBSA -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 14 -ct fbd.xtc -lm UNK_bcc_gaff.mol2[INFO ] St
2021-07-23 16:51:39
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原创 Rosetta基础1：centos8安装Rosetta
在今天之前了解过Rosetta，也试着装过但没装上，感觉看软件命令跟看天书似的，它认识我，我不认识它、但今天我俩达成了共识，互相认识，在服务器装上了Rosetta，记录一下：软件包和编译命令都来自于计算化学公社Rosetta包和命令，我下载的是2019.12.60667版，按照教程的命令输出如下：# Rosetta依赖OPENMPI以及BOOST# Boost与其他开发环境[root@localhost user]# yum install boost-devel libstdc++ zlib zl
2021-07-05 18:04:46
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原创 Linux-alias
最近需要从一个文件夹中多次拷贝一个文件，到不同目录下，每次都要输入相同的路径，很麻烦，因此用alias 设置别名：[root@localhost wks]# alias disdev='cp /home/wks/MD/tools/distance-deviation.sh ./'发现这样只能在当前终端使用，打开一个新终端就不可用，所以查找全局使用别名的方法：[root@localhost wkss]# vi /root/.bashrc# .bashrc# User specific alia
2021-06-22 09:43:26
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原创 MD-钙调素中钙离子的替换和保存
今天在实验钙调素蛋白的动力学模拟时遇到一个问题：在pdb文件中修改钙离子后，用VMD打开后，钙离子位置发生变化？在pdb中钙离子的残基名为CA，然而在力场gromos54a7文件夹下rtp中钙离子残基名为CA2+，所以要做把CA替换为CA2+PDBID:2BBM# 2BBM 未修改ATOM 2700 2HD2 LEU B 26 17.951 -18.980 -17.260 1.00 7.95 H ATOM 2701 3HD2 LEU B 26
2021-06-18 16:22:46
260
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