Cell | 张泽民团队又出新作！如何用“细胞比例”重构免疫亚型，预测肺癌复发？|免疫亚型+Texp指标+复发预测，一个单细胞研究怎么做到临床落地？

👋 欢迎关注我的生信学习专栏~ 如果觉得文章有帮助，别忘了点赞、关注、评论！

---

什么样的免疫亚型才真正影响治疗效果？pCR 是不是唯一的判断标准？

在这篇刚发表于 Cell 的研究中，张泽民团队联合多中心构建了全球最大规模的新辅助NSCLC单细胞图谱，通过“免疫细胞比例+TCR克隆扩增”构建出五种TIME亚型，成功发现了一个比MPR更准的预测指标。

院士团队新作，从思路到代码都值得学习深入研读！

文献信息

文章名称：A single-cell atlas reveals immune heterogeneity in anti-PD-1-treated non-small cell lung cancer
发表刊物：Cell
时间：2025年3月26日
通讯作者：张泽民团队（北大）

---

一、背景介绍

非小类肺癌（NSCLC）是全球致死率最高的癌科，即使接受手术，仍有30%以上的处于复发风险。

新辅助PD-1抑制剂+化疗已成为标准治疗，但同样治疗下，有人完全复发，有人长期无复发？

【问题核心：现有MPR/pCR指标能否精准分层？】

---

二、研究设计：Figure 1

• 对 234例NSCLC新辅助PD-1+化疗 术后样本进行
  • 单细胞scRNA-seq
  • TCR測定
• 构建了包含125万个CD45+免疫细胞的高分辨率图谱
• H&E 判断表现MPR或non-MPR

---

三、分型分析：Figure 2

方法综述：

• 把各种CD45+免疫细胞作为类别，计算其在总免疫细胞中的比例
• 对此比例矩阵进行 NMF零维矩阵分解，选择rank=5

分为五类TIME亚型：

亚型	免疫特征	MPR率	特色评价
TIME-NK	FGFBP2+ NK/NK-like T类	75.9%	极高免疫激活
TIME-BE	记忆B类+TLS	68.6%	辅助性免疫
TIME-Teff	Tem/MAIT类CD8+ T	64.0%	免疫激活
TIME-Treg	CCR8+ FOXP3+ Treg	6.5%	免疫抑制情况极优
TIME-Mye	高比例骨骼/腐败类	36.0%	带有抑制性

---

四、重点：展示型分类中的NMF方法特色

既有研究：通常基于基因表达值的NMF聚类

本文创新：使用 免疫细胞类型比例 进行NMF聚类，类似于清晰不同免疫某细胞类型的添加成分

【步骤】

1. 通过scRNA-seq识别CD45+ 细胞
2. 按照类型分组，计算在总免疫细胞中所占比例
3. 构建比例矩阵，进行NMF聚类

---

五、深入分析结果：Figure 3–7

• **TIME-NK：**FGFBP2+ NK/NK-like CD8T 类免疫权股高，PRF1/GZMB高水平

• **TIME-BE：**CD21+ DC-LAMP+ 成熟TLS多

• **TIME-Treg：**CCR8+ Tregs大量扩张，Terminal Tex比例高

• non-MPR进一步分成 Treghi vs Treglow，存在免疫抑制级别

• Texp 细胞与无复发生存率相关

• Texp/Tex-relevant 比例是预测复发更好的指标（AUC=0.736）

---

六、文献结论

1. NSCLC TIME 存在 系统性五类亚型，且与免疫效应显著关联
2. 揭示 CCR8+ Treg 和 Texp 是免疫治疗响应关键细胞
3. 非MPR情况下，Texp 比例可用于分层复发风险

---

七、学习点总结

• 单细胞+TCR数据进行 免疫层次结构分析
• 如何通过 比例矩阵+NMF 进行职能型聚类
• Texp 和 Tex-relevant 的分类方法、CCR8免疫抑制关键分析

👋 欢迎关注我的生信学习专栏~ 如果觉得文章有帮助，别忘了点赞、关注、评论！