pysmiles与Open Babel 计算Smiles分子式的分子三维坐标

PySMILES

PySMILES (Python Simplified Molecular Input Line Entry System) 是一个 Python 库，用于处理 SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) 分子表示。SMILES 是一种线性表示分子结构的文本格式，其中每个字符代表一个原子或一个键。

PySMILES 提供了一组用于读取、写入和处理 SMILES 格式的分子的函数。例如，可以使用 pysmiles 库将 SMILES 格式的分子转换为分子对象，然后可以使用这些对象进行分子结构分析和可视化。

下面是一个简单的例子，该示例演示了如何使用 PySMILES 库将 SMILES 字符串转换为分子对象:

from pysmiles import read_smiles

# read the molecule from a SMILES string
mol = read_smiles("CCO")

# print the molecule information
print(mol.atoms)
print(mol.bonds)

输出结果是:

[Atom(6), Atom(6), Atom(8)]
[Bond(0, 1, 1), Bond(1, 2, 1)]

转换三维坐标

PySMILES 库本身不提供三维坐标的计算功能，但是可以通过第三方库来实现计算三维坐标。

一种常用的方法是使用 Open Babel 库，它是一个开源的分子建模工具包，可以用于计算分子的三维坐标。可以通过 PySMILES 库将 SMILES 字符串转换为 Open Babel 库中的分子对象，然后使用 Open Babel 库计算三维坐标。

下面是一个简单的例子，该示例演示了如何使用 PySMILES 库和 Open Babel 库将 SMILES 字符串转换为三维坐标（这里使用了UFF力场来计算：）:

from pysmiles import read_smiles
from openbabel import openbabel as ob

# read the molecule from a SMILES string
mol = read_smiles("CCO")

# convert the molecule to an Open Babel object
obmol = ob.OBMol(mol.OBMol)

# create a UFF force field
ff = ob.OBForceField.FindForceField("UFF")

# setup the force field
ff.Setup(obmol)

# generate the 3D coordinates
ff.GetCoordinates(obmol)

# iterate over the atoms and print their coordinates
for atom in ob.OBMolAtomIter(obmol):
    print(atom.GetX(), atom.GetY(), atom.GetZ())

这里使用了UFF力场来计算三维坐标，这是一个经典的力场，可以计算出大多数分子的三维坐标。

如果你需要使用其他的力场可以用FindForceField(“力场名称”)来寻找对应的力场。

需要注意的是，计算出来的三维坐标并不一定是分子的最优构型，如果需要最优构型需要使用构型优化算法，这可能需要更复杂的配置和计算。

在这个例子中使用了 GetCoordinates() 方法来获取三维坐标，但是需要注意在使用之前需要进行分子力场参数设置，这可以通过 Setup() 方法来实现。

仅供参考，说的不一定对