让分子在PPT里“动”起来

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很多时候我们在做presentation时,常常需要展示一些分子结构。通常情况下会采用组合多个视角的二维图的方式而尽可能多地展现分子结构细节,但这样做一方面很不直观,另一方面也不方便讲述。而做成动画视频或动图会是个不错的呈现方式,但这样往往会使得ppt文件变得臃肿庞大,随时面临死机的状况。此外一旦制作好不方便调整修改,对演讲者时间的把控能力也提出了更高要求。为了解决这些痛点,本期我们介绍了另一种直观展示分子结构的方式——“插入3D对象”,话不多说,直接上展示图:

1.用VMD读入分子

软件下载地址:
https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD


支持*pdb、*mol、*mol2、*gro等三维坐标文件格式。
依次点击:File >> New Molecule >> Browse... >> Load



2.修改分子展示模式

修改分子展示模式、颜色等。依次点击Graphics>>Representations

上图红框内的坐标轴很影响美观度,将其删掉。
依次点击:Display>>Axes>>off


3.保存分子为3D物体

依次点击:File>>Render...。修改保存文件格式为*.obj,选定输出文件路径和文件名,最后点击Start Rendering

若不修改保存路径,windows版VMD默认保存至软件安装路径中,linux版默认保存至当前工作目录。一段时间后,VMD将会输出后缀名分别为*obj*mtl的两个文件,在导入PPT前不要对这两个文件做任何的移动或重命名。(*obj文件包含3D对象的坐标,*mtl保存着配色信息)


4.将3D对象导入PPT

选中*obj文件,复制粘贴即可。(前提是不能对上一步导出的*obj*mtl两个文件做任何改动,包括移动、改名等操作,否则导入的3D对象没有颜色)


这样子导入后,在不放映的情况下可以用鼠标调整分子位置(鼠标拖动3D物体中间万向轮)。如果想要调整视图大小,按照以下操作:


5.PPT内展示

如果想要放映时也能动,则需要换一种折中的方法:多复制几张slide,每张slide换成不同视角,slide之间切换方式设定为平滑切换。


效果展示

你会发现,如果想要在放映时实现更复杂的动作变换,则需要复制N多个3D对象。那么这样不会造成ppt文件过大吗?答案是完全不会,因为一旦导入了3D物体,在PPT内无论复制多少次,都是调用最初那个物体。比如,在PPT内复制100个3D对象占用的存储空间和一个3D对象一样大,这一点是制作的动画视频所不能比的。

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