说说基因组的垃圾DNA-Transposable elements

　　Transposable elements(TE)即一段DNA序列能够插入到基因组一个地方，是一段可移动的DNA，转座元件在真核生物基因组中非常常见，小麦基因组更是含有高达85%的转座元件或重复序列。转座元件在玉米中第一次被发现，开始认为转座元件是基因组的垃圾，不行使功能，随着研究的深入，转座元件在基因组进化、基因表达表达调控方面具有重要作用。
　　上篇博文中提到一篇paper发现基因启动子区域(包括5’非翻译区)MITE插入可以影响基因表达。这篇paper给我打开了一个神秘的大门，让我连续追踪了几篇转座元件研究的文章，以前研究中碰到这类转座元件都是绕着走，主要认为没有什么功能。下面我们就说说基因组中那些年的垃圾。
　　转座子分为两类：RNA介导的反转录转座子和以DNA-DNA转座的转座子。反转录转座子主要包括三类LTR(长末端重复反转录转座子)、LINE(长散在重复反转录转座子，或者non-LTR)、SINE(短散在重复反转录转座子)。反转录转座子通过复制-粘贴的方式在基因组中扩展。DNA转座子又可以分为自主转座子和非自主转座子，非自主转座子只有在自主转座子存在时才可以转座。该类转座子的转座过程则是通过“剪切-粘贴”的机制进行。

MITE相关知识

　　上文中提到的MITE转座子就是DNA转座子，其结构与非自主原件相似，具有TIR或者TSD结构，但是又具有反转录转座子的高拷贝性。MITE广泛分布在植物和动物的基因组中，并且多存在于基因富集区，推测其对基因组进化和基因表达具有较大的影响。MITE的长度较短，一般为60-700bp，不能编码转座酶。它具有末端倒转重复序列（terminal inverted repeats, TIRs）和靶位点重复（target site duplication, TSD）,