利用EST文库计算unigene表达量

最新推荐文章于 2022-10-22 17:42:47 发布
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分类专栏： 生物信息 文章标签： 基因组-生物信息学
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HTseq计算表达量
weixin_34254823的博客
11-21 798
http://www.chenlianfu.com/?p=2438 转载于:https://www.cnblogs.com/xiaoxiaoxiaoxue/p/9995360.html
NCBI：UniGene数据库
海骆驼的沙漠
12-30 8328
基于转录组的数据分析，UniGene是一个不可多得的资源，他将mRNA、EST序列以及功能gene进行整合，很容易明白EST、mRNA等转录组数据与gene的关系，同时通过EST所附带的信息，统计了基因的表达谱。UniGene参考了转录组、基因组的信息，通过多次循环聚类，整合尽可能多的数据，NCBI对UniGene按物种进行定期的更新，发布新的版本。 UniGene的数据可以通过FTP按物种
记录---转录组unigene结果分析（无参考）
cfc424的博客
02-27 3673
转录组unigene表达结果，依据亚细胞定位再分析（无参考RNA-seq） 我们有一个几年前无参考转录组分析unigene的表达量结果，该转录组实验有两个处理（0 hour heat 和 6 hour heat treatment），想要从中查看铜相关基因在两个处理下的累积表达量情况，表达量分类是依据预测的亚细胞定位建立的。方便记录，具体操作步骤如下： 1. balstx寻找与已知铜蛋白比对率高的unigene序列 （1）已知两个文件 unigene.fasta （unigene DNA fasta） RN
19个必须知道的转录组知识点
yu_bio的博客
08-29 1万+
1、什么是转录组测序？ 转录组广义上指在某一生理条件下，细胞内所有转录组产物的集合，包括：mRNA、ncRNA、rRNA等；狭义上指所有mRNA的集合。 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和ncRNA。 转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。 2、无参转录组和有参转录组的区别？ 如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，...
R语言 | 计算基因表达量 TPM R脚本
weixin_42083461的博客
10-22 3049
因此，为了消除测序数据中的技术偏差，需要使用归一化，而不是直接使用Row reads count，例如RPKM(每千碱基每百万次映射的转录的读数)、FPKM(每百万个片段的每千基的转录的片段)和TPM(每百万条的转录)。FPKM与RPKM密切相关，但用片段(Pair reads) 取代了单端测序(这种命名的原因是历史的，因为最初的读取是单端的，但随着 pair-end 测序的出现，现在谈论片段更有意义，因此也就是FPKM).目前TPM的计算方式更加科学，被研究人员普遍认可。
火炬松热胁迫cDNA文库的EST-SSR预测 (2009年)
05-23
以火炬松热胁迫cDNA文库的...对uniGene利用SSRTT在线软件分析得到110条EST-SSR。拼接后的uniGene含有SSR位点的频率为4.32%，SSR在火炬松EST上的分布密度为每14。6 kb出现1个SSR。这些EST重复基元中，二核苷酸重复和三核
EST电子延伸克隆专题讨论总结.pdf
最新发布
09-06
EST 序列是一种表达基因序列，可以通过数据库查询、cDNA 文库直接测序、mRNA 差别显示（DDRT-PCR）、代表性差示分析（RDA-PCR）和抑制差减杂交（SSH）等方法获得。 EST 电子延伸克隆的目的 EST 电子延伸克隆的目的...
烟草腺毛全长cDNA文库的构建 (2006年)
06-14
冻刷法收集烟草品种K326腺毛组织，Trizol法提取总RNA，采用SMART技术构建了烟草腺毛的全长cDNA文库．经鉴定表明，文库滴度为1.01×106pfu/mL，...结果表明，文库质量较好，可用于下一步基因克隆及基因表达谱的研究．
从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究 (2007年)
06-16
为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记，利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索，筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明，从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个，含有微卫星的序列121个...
橡胶树EST-SSR标记的开发与应用[借鉴].pdf
10-29
在本研究中，authors 利用EST序列拼接技术，对橡胶树EST序列进行拼接，获得了3090条Unigene。从中发现了430个EST-SSR位点，分布于353条Unigene中，SSR发生频率为11.42%，平均分布距离为3.93kb。 在橡胶树EST-SSR中...
Unigene build produce(NCBI)（译文）
海骆驼的沙漠
12-27 1380
UniGene是从属于GeneBank的一部分，专门收集非冗余性的基因来源的clusters数据。每一个UniGene Cluster包含代表单一基因的序列和相关的信息，例如基因表达的组织类型和图谱定位信息。 除了这些具有具有特征的序列以外，成千上万的EST也被收录在内。因此，相应的，这些收集的资源可以作为基因发现的来源。现在，许多实验室研究人员已经利用UniGene进行大规模的基因表达图谱分析
unigene
doudou8486的专栏
05-31 3331
<br /><br />(一)关于RefSeq：NCBI参考序列<br />NCBI的参考序列计划（RefSeq）将为中心法则中自然存在的分子，从染色体到mRNA到蛋白提供参考序列标准。RefSeq标准为人类基因组的功能注解提供一个基础。它们为突变分析，基因表达研究，和多态发现提供一个稳定的参考点。<br />范围：目前，RefSeq记录为下列分子类型和基因组提供：分子 登录格式      基因组Complete GenomeNC_######Archaea, Bacterial, Organelle, V
使用RESM计算表达量（二代+加三代测序）
qq_36668906的博客
01-17 7060
    最近使用三代+三代做无参转录组测序，感觉公司算的表达量不怎么靠谱，决定亲自算一算。摸索了好久，做个笔记，供大家参考。 1，安装RESM软件： 下载地址则http://deweylab.github.io/RSEM/，下载最新版的安装吧！ 安装：make  make install  没有root权限使用make install 可能出错，使用 make DESTDIR=/in...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析
热门推荐
宁生信
06-10 7万+
差异分析的步骤： 1）比对； 2） read count计算； 3） read count的归一化； 4）差异表达分析； 背景知识： 1）比对： 普通比对： BWA， SOAP 开大GAP比对： Tophat（ Bowtie2）； 2） Read count(多重比对的问题）： 丢弃 平均分配 利用Unique region估计并重新分配 表达量计算的本质
2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释
L_yivs的博客
06-25 4245
1. 参考基因组下载 目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下： NCBI UCSC ENSEMBL GRCH36 hg18 ENSEMBL release_52 GRCH37 hg19 ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75 GRCH38 hg38 ...
用R统计人类基因所有的转录本的分布情况
生信小白学习历程
04-14 3006
一、数据的获取    首先，从ensembl genome browser 92数据库里找到biomart选项：        然后进入biomart 选择使用的资料组（dataset）：Human genes (GRCh38.p12)基因组信息。 再选择属性（attribute）为：Wikigene name与Transcript name(External References中），然后点击r...
2018-7-6转录组学习4 序列比对
L_yivs的博客
07-07 4995
1.比对软件 作为初学者，在这里使用hisat2作为比对软件，关于常用的比对软件的特点引述一下hoptop的介绍： 最近的Nature Communication发表了一篇题为的Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq ana...
【基因表达数据处理】从RAW测序数据，到FPKM的过程
guomutian911的专栏
10-03 7096
FPKM, Fragments Kilobase of exon model per millon mapped reads, which can be used to indicate the expression (abundance) characteristics of genes. Now I will describe operation about obtaining inter
import sys fasta_file = sys.argv[1] id_file = sys.argv[2] with open(fasta_file, "r") as fasta, open(id_file, "r") as id_list, open("Transript.l500.Unigene.fasta", "w") as output: sequences = {} for line in fasta: line = line.strip() if line.startswith(">"): id = line[1:] seq = fasta.readline().strip() sequences[id] = seq for line in id_list: id = line.strip() if id in sequences: output.write(">{}\n{}\n".format(id, sequences[id])) del sequences[id] for id, seq in sequences.items(): output.write(">{}\n{}\n".format(id, seq))
07-08
3. 然后，我们打开fasta文件、id文件和输出文件（命名为"Transript.l500.Unigene.fasta"）。 4. 在代码的主循环中，我们逐行读取fasta文件。 5. 如果当前行以">"开头，表示我们找到了一个新的序列标识符。我们从下一...

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