非模式生物富集分析实践-创建OrgDb包/在线快捷富集分析-KOBAS

非模式生物富集分析

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非模式菌株搜索方法

#BiocManager::install("AnnotationHub")
library("AnnotationHub")  
require("AnnotationHub")
hub <- AnnotationHub()   #这步需要点时间
query(hub,"PAO1")

查询包含PAO1的物种信息，一共查询到2条信息。记住ID号：

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创建OrgDb包

但我想自己建包，所以在数据库下的注释信息（我这是假单胞菌的基因组网站）：

https://v2.pseudomonas.com/goterms/list?accession=&goterm=&ecoCode=&strain_id=107&term=Pseudomonas+aeruginosa+PAO1+%28Reference%29&offset=0

setwd("此处填文件所在路径")
egg<-read.csv("gene_ontology_csv.csv")

如果有空行运行：

NAegg[egg=="-"] <- NA 

我的注释文件长这个样子（至少应该有GID, GENENAME, GO）：

创建gene_info和gene2go文件：

gene_info <- egg %>%dplyr::select(GID = Locus.Tag, GENENAME = Gene.Name) %>% na.omit() #把GID和GENENAME相应提取出来。
gene_info <- unique(gene_info)  #我这里有行重复，你的没有的话可以忽略

gene2go <- egg %>%dplyr::select(GID = Locus.Tag, GO = Accession, EVIDENCE = Evidence.Ontology.ECO.Code) %>% na.omit()  #同理把GID，GO和Evidence提取出来, Evidence随意什么都行。
gene2go <- unique(gene2g