bcftools 常用参数 --collapse说明

bcftools的多个子命令中都有--collapse参数的身影，例如bcftools norm 和bcftools concat中 -d和-D这两个参数，这两个参数的作用是去重duplicate 位点，去除的方式将按照通用参数 --collapse中指定的几个可选参数进行，这些方式包括如下截图中的几种

可以看到参数none将会认为chr，pos，ref，alt也就是染色体号，位置，reference allele， altnative allele完全相同的情况下才认为是一个duplicate 的位点，而all/snps/indels/both参数则只要求chr，pos相同，就认为这些位点是完全相同的。