单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化

这一个分析，我目前只在Nature Communications上面看到过两篇文章，都是2020年发表的。肿瘤进化是单细胞里面做肿瘤内部异质性一个比较创新的角度，我参与的课题中也用到了这个分析。公众号后台回复20210420获取今天的数据和部分代码。

1. 先来看一下例子

Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma

这个图并不复杂，单独看每一个样本的进化树，上方主干对应的CNV事件，是早期就发生的；下方分枝的CNV事件是后期发生的。其中蕴含的逻辑就是含有某个CNV的细胞占比越多，那么这个CNV就发生得越早；含有某个CNV的细胞占比越少，这个CNV就发生得越晚。

Single-cell RNA landscape of intratumoral heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in advanced osteosarcoma

这两篇文章在做完这个分析之后，并没有说太多的东西，只是简单说明了一下哪些CNV在主干，哪些在分枝(与前人研究对比)，而且还是长短臂水平，没有细化到基因。

2. inferCNV预测CNV，并依据CNV聚类

这次教程用到的测试数据同上上篇一样，肿瘤细胞来源于4个病人。但是为了演示，我假设这些细胞都来源于一个病人，是不同的亚克隆。

library(infercnv)
#1
infercnv_obj = CreateInfercnvObject(raw_counts_matrix="oligodendroglioma_expression_downsampled.counts.matrix",
                                    annotations_file="oligodendroglioma_annotations_downsampled.txt",
                                    delim="\t",