VMD细碎知识点(1)

VMD里面所有行为，都可以用命令描述出来。打开VMD之后运行log sdf.txt，接下来干你的事，你干的所有事的等价的命令行都被记录到sdf.txt当中，运行log off停止记录。
atomselect之后占用内存，选择范围的原子越多占得越大，应当用完之后删除，比如atomselect1 delete，内存就释放了。但是atomselect编号仍然继续往后延，并不会重新占用已经删了的。
修改TKconsole的设置，通过修改D:studyVMD186pluginsnoarchtclvmdtkcon1.0tkcon-modified.tcl。比如里面的font create tkconfixed -family Courier -size 12，把12改成20，字号就变成20了。
在.vmdrc或者vmd.rc里面有很多被注释掉的内容，也有没有被注释的，都是控制启动后vmd的默认设置，比如开哪些窗口，窗口位置，光源什么的

animate dup 0 复制当前帧到最后新的一帧
animate dup frame 2 0 复制22帧到新的帧
animate pause 暂停播放，按回车或者随便瞎输个命令就可继续
animate forward/for向下播放
animate reverse/rev向前播放
animate prev/next 向前/向后一帧
animate skip 设置播放时的step
animate delete all 删除所有帧
animate speed 0.3 设置速度为0.3，数值>=0，<=1
animate style once/loop/rock 设置播放模式
animate styles 显示可用的播放模式，其实就是显示once、loop、rock
animate goto start/end/n  回到开始帧、末尾帧、第n帧
atomselect keywords显示所有可以选择的关键字
macro指的就是那些charged、acidic之类的整体。
atomselect macro 显示所有macro
atomselect macro charged 显示charged的定义
atomselect delmacro ions    删除ions的macro
atomselect macro sdfsdf {resname ALA and hydrogen}  定义一个新的macro，如果已经有定义了，则覆盖
设好的macro在graphics representations-selection-singlewords里面也会出现
atomselect 3 "resid 25" frame last 选择3号分子最后一帧的resid 25。分子可以是数字或者top，所选内容就是普通的selection，用双引号或者{}括住，帧号可以是数字、first、last、now。
选择之后，会出现比如atomselect0，然后可以运行：
atomselect0 num   显示所选的内容有多少原子
atomselect0 list  显示所选的内容的原子的编号
atomselect0 text  显示所选内容表示的意义
atomselect0 molid  显示所选内容的分子编号
atomselect0 frame  显示所选内容的所在帧。atomselect0 frame x设置选择的帧为x
atomselect0 delete   删除atomselect0函数。
atomselect0 global   将atomselect0移入全局命名空间
atomselect0 get mass 得到atomselect0所选范围的质量，还可以是{x y z}得坐标，{x}仅x坐标。get后面可以接任何属性，见manual p77
atomselect0 get structure 可以得到结构中每个残基所处的二级结构
实际上不管是在图形界面选择newcartoon还是文本控制台输入get structure，都要调用stride来计算
atomselect0 getbonds 得到成键列表
atomselect0 setbonds <bondlists> 按照成键列表成键，比如{{2 5} {4 6}}
atomselect0 move  4x4 matrix   根据矩阵移动
atomselect0 moveby {1 1 6}   把所选原子向1，1，6向量方向和距离上移动
atomselect0 lmoveby offset_list:  move each atom by an offset given in the list.
atomselect0 moveto { 3 6 5}   把所选内容移动到3，6，5位置
atomselect0 moveto position_list:  move each atom to a point given by the appropriate list element
atomselect0 writepdb a.pdb   把目前所选原子写到当前文件夹（vmd所在文件夹）的a.pdb中
set kk [atomselect 0 {resname ALA}]   定义$kk变量，用echo $kk可以查看其代表的内容，比如得到atomselect0
set mass [$sel get mass]        set mass [$sel get mass]
set kkk 4
incr kkk     把kkk加1
$sel set beta 0        # all values are set to zero
$sel set beta $mass    # copy mass to beta