蛋白融入金层的所有步骤

溶解蛋白

如果提示gromos力场的警告，请直接忽略 -maxwarn
就是按照gromacs基础部分溶剂蛋白，一直做到npt，一共跑4nsnpt

生成拓扑

这里我拿A链经过修补后且用Ca离子做平衡的文件做示例

gmx_mpi pdb2mgx -f chain_A_all.pdb -o chain_A_all.gro -p chain_A_all_Ca.top -i chain_A_all_Ca.itp 

制作溶解蛋白的水盒子

gmx editconf -f chain_A_all.gro -o chain_A_all_box.gro -c -box 5.964 5.964 5.964

gmx solvate -cp chain_A_all_box.gro -cs spc216.gro -p chain_A_all_Ca.top -o chain_A_all_water.gro

注意这里的尺寸就是5.964 5.964 5.964nm，其他的模型都是这样做的

离子平衡

gmx grompp -f ions.mdp -c chain_A_all_water.gro -p chain_A_all_Ca.top -o chain_A_all_Ca_ions.tpr

gmx genion -s chain_A_all_Ca_ions.tpr -o chain_A_all_Ca_ions.gro -p chain_A_all_Ca.top -pname CA -np 9

根据note2的提示添加指定的阳离子数量

做模拟仿真

这里名字我就用模板了，请自行更改。但是mdp的文件名称是正确的

能量最小化

gmx grompp -f em_water.mdp -c chain_B_33_ions.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_em.tpr
 gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_em

nvt

gmx grompp -f nvt_define.mdp -c chain_B_33_em.gro -r chain_B_33_em.gro-p chain_B_33.top -o chain_B_33_nvt_first.tpr

gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_nvt_first

npt

gmx grompp -f npt_water.mdp -c chain_B_33_nvt_first.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_npt.tpr

gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_npt

这个npt_water.mdp是2ns，要跑2次

搭有分子层的结构

gmx editconf -f chain_A_all_Ca_npt_4ns.gro -c -box 5.964 5.964 20

居中，然后稍微调大一些z轴，为了能放下分子层
xy尺寸自己根据体系调整 z轴20我测试是正好的距离

gmx genconf -f MP.gro -nbox 36 21 1 -o MPsheet_227.gro

gmx insert-molecules -f chain_B_33_npt_center.gro -ip position.dat -ci MPsheet_227.gro -o one_level_34.gro -rot none

gmx insert-molecules -f one_level_34.gro -ip position2.dat -ci MPsheet_227.gro -o two_level_34.gro -rot none

position的调法不再多说了。可以见我以前的文章

做top

这里这个top有一点点复杂，需要先根据之前的chain_A_all.top先把这个做成itp，然后再在top里面include，至于分子顺序和数量怎么加，不再多说，其他文章里面有详细解释。这里我就以NA的为例了

vi two_level_chain_A_NA.top

two_level_chain_A_NA.top

#include "gromos53a6.ff/forcefield.itp"
#include "Au001.itp"
#include "mPlus.itp"
#include "chain_A_all_NA_top.itp"
;#include "mMinus.itp"
#include "gromos53a6.ff/spce.itp"
#include "gromos53a6.ff/ions.itp"



#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif


[ system ]
; Name
chain_A_all and Au

[ molecules ]
; Compound             #mols
Protein             1
SOL         5128
NA               18
MP          3136
MP          3136

这之中"chain_A_all_NA_top.itp"需要删除top里面的前面include力场部分和位置限制后面的所有内容。也就是删除下面这些

#include "gromos53a6.ff/spce.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct       fcx        fcy        fcz
   1    1       1000       1000       1000
#endif

; Include topology for ions
#include "gromos53a6.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
Protein in water

[ molecules ]
; Compound        #mols
Protein             1
SOL         5137
CA               9

接下来，就进行和上面没有Au原子层一样的仿真步骤

最终模拟仿真

这里名字我还是用的模板，请自行更改。但是mdp的文件名称是正确的。主要看mdp，以后我时间充裕会再修正。

能量最小化

gmx grompp -f em1.mdp -c chain_B_33_ions.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_em.tpr
 gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_em

nvt

gmx grompp -f nvt_define2.mdp -c chain_B_33_em.gro -r chain_B_33_em.gro-p chain_B_33.top -o chain_B_33_nvt_first.tpr

gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_nvt_first

npt

gmx grompp -f npt_40ns.mdp -c chain_B_33_nvt_first.gro -p chain_B_33.top -o chain_B_33_npt.tpr

gmx mdrun -v -deffnm chain_B_33_npt

跑完200ns（5次），就可以完成所有的仿真了，分析流程敬请期待！