利用MEGA-X选择模型及构建美化进化树

对于经常构建进化树的朋友来说，MEGA应该是个老朋友了。MEGA从1993年的第一个版本问世一直锤炼到去年刚刚发布的MEGA-X，已经经历了26年，在这期间，MEGA共更新八个版本，先后在Molecular Biology and Evolution、Bioinformatics、Computer Applications in the Biosciences等期刊上发表共十篇论文，总引用量已经超过11万。对于如此熟悉的一个老朋友，让我们今天一起来了解一下它的新版本MEGA-X，开发它更多的使用方法。 MEGA-X的官网网址是 https://www.megasoftware.net/，它支持在Windows、MacOS 以及Linux 系统下运行，有图形界面和命令行两个版本可供选择，支持64 位和32 位，与之前的版本比较，MEGA-X 最大的特点是大数据运算能力增强，并且支持多种计算平台。

 

今天主要介绍的是在MEGA-X图形界面下构建系统发育树并且对发育树进行美化。下载安装好MEGA-X后，首先打开软件。

 

此处我们以一株细菌的16S rRNA序列为目标序列，首先在NCBI中进行Blast比对，下载将要一起比对建树的菌株序列。在NCBI中输入序列或者上传文件，选择数据库时可以选择「Nucleotide collection(nr/nt)」或者「16S ribosomal RNA sequences」数据库，一般来说nr/nt库信息比较全面。

 

我们选择了10个不同种的16S rRNA序列进行下载。另外，此处还可以比对下载2-3条大肠杆菌（Escherichia coli）和沙门氏杆菌（Salmonella）的16S rRNA序列作为外类群（在Organism选项中进行物种限定ÿ