变异类型知多少

第3期 变异类型知多少

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生信小白：上期介绍了从FASTQ到BAM的历程，我们接下来是不是要向VCF进击了。

西克孚肉：对的，为了更好地理解变异的鉴定过程，这一期我们先来讲讲变异的类型。

Q：变异从哪来？

西克孚肉： 我们每个人身上都有各种各样的变异，变异主要来自三个途径。

第一种是大家都很熟悉的方式，遗传自父母(Inherited from parents)。

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二是新发突变（De novo mutations），指的是父母本身没有的突变，一般来自精卵结合或受精卵发育过程中的自发突变。每个人身上都会有这样的变异，一般不会带来功能性的问题，但有一些先天的小儿疾病，就是这样的变异刚好落在了一个重要的基因上。

第三种是体细胞突变（Somatic mutations ），最典型的例子就是癌症，某个体细胞发生突变，导致了细胞不受控制地增殖。

 

(图片来源：https://en.wikipedia.org/wiki/Cancer)

生信小白：一开始我听到每个人身上都会有几百万个突变，竟有点方...

西克孚肉：其实啊，变异是一个相对的概念，目前关于人基因组变异的讨论，都是以“人类基因组计划”中的人类基因组作为参照物。至于对健康的影响，取决于变异的位置以及是否改变蛋白质的功能。基因组作为参照物。至于对健康的影响，取决于变异的位置以及是否改变蛋白质的功能。

Q：突变类型有哪些？

西克孚肉： 基因突变的类型主要有以下几种：

染色体倍数改变Chromosomal aneuploidy

人基因组变异类型有很多种，其中最严重的一种是染色体倍数发生了改变。其中，我们最熟悉的例子就是唐氏综合征，21号染色体多了一条而导致的疾病。

曾因为纪录片《舟舟的世界》爆红的“天才指挥家”舟舟，是一名唐氏综合征的患儿，因为其父亲是武汉交响乐团的低音提琴手，所以舟舟从小就泡在乐团，在音乐中找到特殊的乐趣，并为指挥而着迷。

 

基因组结构变异Structural Variations (SVs)与拷贝数变异Copy Number Variations (CNVs)

一般来讲，SV常被定义为DNA上大于1 kb 片段的变更，如：缺失突变（deletions），插入突变（insertions）等。CNV 是基因组结构变异的重要组成部分，一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。

目前已发现CNV与帕金森、智力障碍、阿尔兹海默等精神类疾病有关。基因拷贝数增减导致的基因剂量效应、调控区或编码区的插入缺失是引起疾病的主要原因。

Short insertion/deletions (Indels)

指的是在基因组的某个位置上所发生的小片段序列的插入或者删除，其长度通常在50bp以下。Indel是导致癌症激酶活化的常见机制。比如KRAS是一种激酶，某种突变会让它获得持续的激活，从而使癌细胞失控。

单核苷酸变异Single Nucleotide Variations (SNVs)

SNV是基因组水平上由单个核苷酸的变异，一般来说每个人的基因组都会有300万个单核苷酸的变异，可能出现在编码区、非编码区、基因间区。苯丙酮尿症（PKU）是儿童苯丙氨酸羟化酶（PAH）基因的突变，导致血中苯丙氨酸（phenylalanine,Phe）浓度增高并在神经系统和血液中蓄积。

本次主要介绍了常见的变异类型，下期我们将一起探索VCF的注解之旅。

 

参考文献：

1. Poduri A , Evrony G D , Cai X , et al. Somatic Mutation, Genomic Variation, and Neurological Disease. Science, 2013, 341.
2. Alkan C , Coe B P , Eichler E E , Genome structural variation discovery and genotyping. Nature Reviews Genetics, 2011, 12.
3. 杜仁骞, 金力, 张锋. 基因组拷贝数变异及其突变机理与人类疾病[J]. 遗传, 2011, 33(8).
4. Genetics Home Reference -https://ghr.nlm.nih.gov/Mutations and Health

 

往期回顾：

第0期 生信分析是个什么玩意儿？

第1期 FASTQ! BAM! VCF! 傻傻分不清楚？

第2期 从FASTQ到BAM经历了什么？

 

 

发布于 2019-06-24