2020.09.17丨PB&ONT比较概览

• 补充一下目前两个主流的三代测序产品PB和ONT
• PB&ONT比较概览
  • ONT 
    • 生产国：英国
    • 设备种类：MinION GridION X5 PromethION-β PromethION-24 PromethION-48 便携、实时； 户内、户外
    • 使用酶：解旋酶/马达蛋白
    • 孔：纳米孔蛋白（Nanopore）
    • 膜：多聚合物膜
    • 外力：ATP-马达蛋白-纳米孔-ds DNA
    • 信号：电信号-fast5
    • 分析：fastQ
  • PB
    • 生产国：美国
    • 设备种类：RSII Sequel Sequel II 大型室内测序工作站
    • 使用酶：聚合酶
    • 孔：零膜波导孔（ZMW）
    • 外力：链霉亲和素-生物素-dsDNA
    • 信号：荧光信号（4色）-脉冲波
    • 分析：fastQ
  • 技术比较
    • Pacbio vs Nanopore 技术比较
  • 实测数据
    • 产品实测数据-基因组DNA-ONT
    • Pacbio sequel Ⅱ 测序数据
• 总结：与PB相比，ONT可以进行定量，然而碱基准确性较低。比较好的方法是2+3的方式，但对于2+3的数据分析，国内目前没有公认的分析流程，客户个性化分析的范围也很有限，可以继续梳理这方面的流程。