Pacbio HiFi技术原理与应用软件实例

Pacbio HiFi技术原理与应用软件实例

原创 生信技术 生信技术 2021-06-07 13:02

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本文将从以下四部分介绍

一、HIFI技术的简介

二、HiFi建库流程

三、HiFI组装实例

四、全基因组测序的组装流程

一、HIFI技术的简介

HiFi reads（High fidelity reads）

是Sequel II 三代测序平台推出的兼顾长读长和高准确度的测序序列，一般采用CCS（Circular Consensus Sequencing）模式测序。在这种测序模式下，酶读长一般大于插入片段长度，因此酶会绕着模板进行滚环测序，插入片段会被多次测序。单次测序中造成的随机测序错误，可以通过算法进行自我纠错校正，最终得到高准确度的HiFi reads。

要在单次测序中得到更多的HiFi reads往往需要平衡测序的酶读长和插入片段的长度，插入片段太长会导致酶无法进行滚环测序，插入片段太短又牺牲了三代长读长测序的优势。因此HiFi模式测序对酶试剂和建库过程的均一性要求较高。

二、HiFi建库流程

PacBio SMRT测序原理

1、聚合酶捕获文库DN