拟南芥数据库

最新推荐文章于 2024-08-17 21:10:43 发布
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分类专栏： 编程语言与技术 文章标签： debian 运维
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本文链接：https://blog.csdn.net/u010608296/article/details/123550670
版权
该资源链接提供了一个拟南芥数据库，包含在https://1001genomes.org/data/GMI-MPI/releases/v3.1/，专注于生物信息学研究。此外，还提及了Linux软件，可能涉及生物信息学分析工具。
摘要由CSDN通过智能技术生成
拟南芥参考基因组
weixin_44874487的博客
08-21 602
阿拉伯芥信息资源 (TAIR) 维护着一个关于模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传学和分子生物学数据的数据库。TAIR 提供的数据包括完整的基因组序列、基因结构、基因产物信息、基因表达、DNA 和种子库、基因组图谱、遗传和物理标记、出版物以及拟南芥研究社区的信息。基因产物功能数据每周都会根据最新发表的研究文献和社区数据提交进行更新。TAIR 还在其数据页面上提供了广泛的链接，指向其他拟南芥资源。TAIR10_protein_lists和。然后下载两个版本的蛋白质组就可以了。
Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）
热门推荐
wangprince2017
11-20 1万+
Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面； 可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D
拟南芥中基因家族序列的提取
最新发布
hgz2020的博客
08-17 1076
1.拟南芥基因组数据的下载是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件基因组文件：Ath.genome.fasta基因注释文件：Ath_final.gff3 cds序列文件：Ath.cds.fasta蛋白序列文件：Ath.pep.fasta3.从拟南芥数据库 geneFamily 中下载我们关注的基因家族信息。
部分植物基因组数据库汇总
悟道西方
02-20 1万+
牛年大吉植物基因组数据库：1、NCBI中的genome，直接下载NCBI上的基因组文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/2、植物基因组数据库（包含约30...
拟南芥突变基因位置的Linux大数据分析.pdf
09-06
研究人员从TAIR数据库下载了拟南芥的参考基因序列，使用SOAPaligner软件将这些读段与参考基因组比对，从而识别出单核苷酸多态性（SNP）。SNP是基因组中的常见变异，可以作为分子标记帮助定位突变。 接下来，文章...
拟南芥
02-16
拟南芥，学名Arabidopsis thaliana，是一种小型双子叶植物，属于十字花科，广泛用于生物学研究，特别是遗传学和分子生物学领域。由于其生命周期短、基因组小且易于遗传操作，拟南芥被誉为“植物界的果蝇”，在生命...
拟南芥雄性不育突变体nps的基因定位 (2007年)
05-25
nps是经EMS诱变筛选得到的一拟南芥雄性不育突变体。通过背景纯化与遗传分析，发现nps...数据库预测该区间内包含10个与花发育ABC模型相关的基因，因此，对NPS基因的研究有助于深入了解拟南芥的花发育过程与花器官形成。
RNA-seq分析：Step2（数据的下载）
沉香best的博客
08-20 3347
转录组测序原始文件和基因组数据的下载是进行转录组分析的重要步骤，本文中，以拟南芥的RNA-seq数据为例子，进行RNA原始测序数据的下载和基因组文件的下载。
植物研究必备网站
u014033218的专栏
07-11 3879
分类 推荐理由 网址 综合 NCBI (National Center for Biotechnology Information）美国国立生物技术信息中心，包括植物在内的众多生物的核酸序列信息，是分子水平上研究生物的必备网站 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 综合 Phytome是一个比较基因组学数据...
Science：拟南芥根系三萜化合物塑造特异的微生物组
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
05-18 6376
文章目录文章新闻稿热心肠日报导读文章简介拟南芥特异代谢网络选择性调控根系微生物组摘要背景结果图1. 拟南芥中鉴定根系特异表达的三萜生物合成网络解析三萜基因簇的代谢通路图2. 拟南芥根的三萜生物合成网络鉴定拟南芥根系拟南芥宁醇(thalianol)衍生代谢物图3. 不同拟南芥株系的代谢分析鉴定thalianin、TFAEs和arabidin通路的缺失基因三萜生物合成影响拟南芥根系微生物组的组装图4....
生物信息学数据库大全
qiuxue198598的专栏
01-09 8864
 综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ，美国国家生物技术
数据库打不开的解决办法
qq_46686433的博客
11-14 9495
数据库有时候打开会出现这样的错误，然后无法连接 解决方法： 打开 的电脑->管理->服务和应用->服务：启动数据库（如图） 右击启动即可
拟南芥表达数据库（包含可变剪切）
Yoshikirinda的博客
08-03 488
拟南芥表达量check
基因家族分析⑤：进化树构建
wuyuankang的博客
07-20 4645
在④中，我们已经得到了甘蓝中的几丁质酶基因家族序列，用任意一个序列在NCBI上对拟南芥数据库进行BlastP，在EnsemblPlants数据库中对白菜数据库进行BlastP（http://plants.ensembl.org/Brassica_rapa/Info/Index），对得到的序列ID进行优化，白菜的蛋白ID改成该蛋白对应的基因ID，如Bra022475；拟南芥的蛋白ID，改成其TAIR上的基因格式，例如AT2G43600； 将得到的拟南芥、白菜、甘蓝几丁质酶基因家族蛋白序列，合并在一个文档中.
植物科学常用数据库和生物信息学工具2020
qq_44520665的博客
01-14 1万+
转载于公众号:Mol Plant植物科学 通用数据库 http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/ 国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站 https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13 牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站 http://abc.gao-lab.org/ind
拟南芥表观遗传数据库
03-21
拟南芥表观遗传数据库是为了帮助研究人员更好地理解和研究拟南芥的表观遗传调控而建立的数据库。 拟南芥表观遗传数据库主要包含了拟南芥基因组中的表观遗传修饰信息，包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等。这些...
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