在用ArchR得到cell cllusters后,因为不可能事先知道每个聚类是哪个细胞类型,通常需要手动注释(因为每个数据集都不同)。
为了进行细胞类型注释,我们使用细胞类型特异性标记基因的先验知识,并通过基因评分从我们的染色质可及性数据中评估这些基因的基因表达。基因评分本质上是根据基因附近调控元件的可及性对高表达基因的预测。
在用ArchR得到cell cllusters后,因为不可能事先知道每个聚类是哪个细胞类型,通常需要手动注释(因为每个数据集都不同)。
为了进行细胞类型注释,我们使用细胞类型特异性标记基因的先验知识,并通过基因评分从我们的染色质可及性数据中评估这些基因的基因表达。基因评分本质上是根据基因附近调控元件的可及性对高表达基因的预测。