scRNA-seq的fastq文件处理流程——持续更新

获得了一批新的scRNA-seq的fastq.gz文件，每个样本的数据形式为：

我打算使用10X cellranger处理fastq.gz文件，下载及安装方式在官网：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/2.0

这个网址写了10X cellranger处理fastq.gz文件的命名规则https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/2.0/using/fastq-input#wrongname

fastq.gz文件的命名方式为：[Sample Name]S1_L00[Lane Number][Read Type]_001.fastq.gz
I1: Sample index read (optional)
I2: Sample index read (optional)
R1: Read 1
R2: Read 2

使用cellranger count命令进行定量：
具体参数可以用cellranger count --help命令查看，因为此数据集是小鼠的scRNA-seq，故refdata选择mm10（10X 官网也提供了下载链接）

#!/bin/bash

cellranger count \
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