转录组+代谢组联合分析

最新推荐文章于 2025-04-30 14:38:37 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物信息学 数据分析
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转录组+代谢组联合分析

简介

转录组是获得生物体内基因表达的重要方法，代谢组是生物体表型的基础和直接体现者。 转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型之间很难之间关联，导致关键的信号通路难以确定，因此往往达不到预期的研究目的。代谢产物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，是生物体表型的物质基础。
在系统生物学研究时代，生物过程复杂多变，基因调控网络复杂。针对特定的生理、病理等表型进行研究，利用转录组的数据获得大量差异表达的基因，与代谢组检测得到的差异代谢物进行关联分析,从而从原因和结果两个层次对生物体的内在变化进行分析，鉴定关键基因靶点、代谢物及代谢通路，构建核心调控网络，系统全面地解析疾病发生发展的复杂机制，从整体上解释生物学问题。目前，转录组代谢组联合分析已被广泛用于各种疾病研究。
An overview workflow of the comprehensive analysis of metabolomics and transcriptomics in cervical cancer. (Yang K, et al. 2017)
参考文献：
Yang K, et al. A Comprehensive Analysis of Metabolomics and Transcriptomics in Cervical Cancer[J]. Scientific Reports, 2017, 7:43353.

【转录调控网络】代谢组学与其他组学的联合分析经典模式简介
小哲的博客
10-26 5526
多组学联合分析经典模式转录组学&代谢组学联合分析 转录组学&代谢组学联合分析 转录组是获得生物体内基因表达的重要方法，代谢组是生物体表型的基础和直接体现者。 转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型之间很难之间关联，导致关键的信号通路难以确定，因此往往达不到预期的研究目的。代谢产物是生物体在内外调控下基因转录的最终结果，是生物体表型的物质基础。 在系统生物学研究时代，生物过程复杂多变，基因调控网络复杂。针对特定的生理、病理等表型进行研究，利用转录组的数据获得大量差异
转录组-蛋白组-代谢组关联分析
aganlala的博客
01-25 7950
mRNA-蛋白组-代谢组关联分析 简介 蛋白质是生物体内执行功能的最终载体，蛋白质组学的研究主要以质谱蛋白质组学为基础。 代谢组学是系统生物学领域中的一个新兴学科， 它通过检测外源刺激或遗传修饰后生物体内代谢物的变化来探索整个生物体的代谢机制。对生物体内生命过程中产生的一系列代谢产物做全面的分析有助于揭示基因型和表型之间的联系，整合多组学分析是目前综合分析代谢产物的最有效的方法。转录组与蛋白质组数据依据 mRNA 与蛋白之间的翻译关系彼此关联，通过此关系将 mRNA 与其翻译的蛋白整合，即通过蛋白 ID 查
皮尔逊相关分析——代谢组与转录组联合-R语言
ziixiaoshenwang的博客
03-19 1万+
数据 导入Rstudio dx <- read.csv("dx.csv",header = T,row.names = 1) gene <- read.csv("gene.csv",header = T,row.names = 1) 转换数据类型 gene1 <- as.matrix(gene) dx1 <- as.matrix(dx) 就某个基因与代谢物进行相关性分析 cor(dx1[(row.names='4-Pentenoic acid'),],gene1[(row.n
转录组+代谢组强强联合出高分
最新发布
SHANGHAILINGEN的博客
04-30 997
目前，多组学联合分析已经成为深入挖掘分子机理和发高分文章最有效的策略之一。
联合分析专题：带你了解转录组+代谢组联合分析在医学方向的研究思路
bioyigene的博客
05-15 6632
转录组+代谢组的多组学分析，可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题，相互间进行验证，从海量的数据中筛选出关键基因、代谢物及代谢通路，深度解析生物系统的宏观发育过程，解释生物过程的复杂性和整体性。
代谢组与转录组联合分析方法介绍
修罗神的海岛
06-01 8931
这次将介绍代谢与转录组联合分析的常用方法，主要包括相关性分析、KEGG通路分析、典型相关性分析等，这里相关性分析是两两代谢物表或者基因表达量之间计算相关性，典型相关是多变量多个代谢物和多个基因一起的两组数据进行降维，可类比于PCA。下面将用一些实际案例来说明这些分析方法。 文章《Comparative transcriptome and metabolome profiling reveal molecular mechanisms underlying OsDRAP1-mediated salt tol
医学组学1+1＞2：代谢组+转录组/微生物组关联分析策略及案例解读
Magigene的博客
08-08 2185
16S测序显示，暴露于顺铂后，盲肠内容物中肠道微生物组的组成发生了显著变化。而整合代谢组学、转录组学与微生物组学的数据，进行关联分析，不仅能够实现信息的互补验证，还能通过构建相关性网络，揭示不同层面间的内在联系。美格基因于6.28推出了2款医学多组学关联分析产品：代谢组与微生物组联合分析（医学）、代谢组与转录组联合分析（医学），作为目前医学研究中应用最为广泛的2种组学关联分析策略，适用于多种医学研究场景：营养与健康/饮食研究、生物标志物的发掘、疾病机理研究、药物作用机制、抗生素耐药性研究......
派森诺转录+代谢组联合分析
muhamuha2020的博客
12-20 1416
异齿裂腹鱼属于裂腹鱼亚科鱼类，藏语称“棒棒鱼”，是裂腹鱼亚科中具有代表性的四倍体物种，主要分布于雅鲁藏布江干流和支流中，属于青藏高原重要的特有鱼类。目前，由于河流筑坝和过度捕捞，裂腹鱼类的野生资源已经呈逐年下降的趋势。人工养殖亲鱼的培育是异齿裂腹鱼野外资源恢复的有效手段之一，然而，在人工养殖条件下异齿裂腹鱼不能进行正常的性腺发育和成熟，导致驯养条件下异齿裂腹鱼的繁殖功能障碍。 多项研究表明，鱼类繁殖功能障碍是由于人工养殖条件下的综合应激，特别是脂肪酸、维生素等营养因素对卵细胞质量和繁殖功能起着重要作用，从营
转录组代谢组联合分析基础名词
weixin_62735625的博客
02-24 4647
1.基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-Expression Network Analysis, WGCNA）：基因共表达网络是基于基因间表达数据的相似性而构建的网络图，图中的节点代表基因，具有相似表达谱的基因被连接起来形成网络。通过构建基因共表达网络，可以深入探讨基因间的相互作用关系并挖掘核心基因（hub gene） 2.高通量测序：高通量测序技术（High-throughputsequencing，HTS）是对传统Sanger测序（称为一代测序技术）革命性的改变, 一次对几十万到几百
转录组+代谢组联合分析，揭示盐胁迫对粘红酵母的类胡萝卜素产量的影响
muhamuha2020的博客
10-26 1357
类胡萝卜素是一组1100多种天然脂溶性色素分子，不仅可以用作天然着色剂，且具有促进健康的功效，在制药、食品、饲料和化妆品行业中已经有广泛的应用。人类无法合成类胡萝卜素，因此必须在食物中补充这些化合物。 粘红酵母ZHK是一种含油脂的红酵母，主要生产三种类胡萝卜素：圆酵母素、红酵母红素和β-胡萝卜素。相较于β-胡萝卜素，圆酵母素、红酵母红素的研究较少，近期有研究表明这两种类胡萝卜素具有很强的抗氧化性能、且表现出较强的维生素A原和抗前列腺癌活性。因此进一步提高圆酵母素和红酵母红素的产量具有商业应用价值。 尽管有大
IF 10.588=细菌完成图+转录组+代谢组+实验验证
muhamuha2020的博客
08-12 824
研究背景 土壤盐渍化正逐渐对世界农业造成严重威胁，土壤盐分过高不仅影响植物的生长发育，还会引起严重的渗透胁迫、钠离子和氯离子毒性以及氧化损伤。硫化氢(H2S)是一种存在于植物组织和细胞中的小气体分子，具有生理和信号传导双重功能，其在植物种子萌发、生长发育和胁迫适应等方面起着重要作用。前期研究表明，外源施用NaHS作为H2S的供体，能够通过保持Na+/K+ 平衡以及调节H2S代谢和氧化应激反应来改善盐胁迫引起的生长抑制。 黄瓜（Cucumis sativus L.，2n = 2x = 14）是一类广泛栽培的葫
UMI绝对定量转录组+代谢组联合研究β-葡萄糖苷酶抑制剂在草菇采后贮藏中的应用前景
muhamuha2020的博客
02-21 1088
派森诺与上海市农业科学院携手合作，于近期在《Postharvest Biology and Technology》上发表了β-葡萄糖苷酶抑制剂在草菇采后管理中应用的研究成果。 草菇(Volvariella volvacea)又称兰花菇，味道鲜美，营养丰富，脂质含量低。低温贮藏是大多数食用菌保存和运输的常规方法。然而，在传统的保存温度(4℃)下，草菇会变软、液化，甚至腐烂，这种现象被称为“低温自溶”。草菇的低温自溶限制了这种商业栽培蘑菇的采后贮藏和销售。已有研究表明，UBEV2特异性泛素结合酶E2 (UBEV
java dscape_转录组与代谢组联合分析利器----MetScape（上）
weixin_34579167的博客
02-28 3053
原标题：转录组与代谢组联合分析利器----MetScape(上)相信各位老师们最近看了不少关于和联合分析的文章,在此小编也带着大家简单回顾下思路吧！总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。例如，我们想研究导致不同颜色品种的玫瑰花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的玫瑰花积累的花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众...
组学联合分析
oriRNA的博客
05-07 8180
转录组学-蛋白质组学联合分析mRNA与蛋白质均存在的基因将基于参考基因得到的蛋白质鉴定结果与转录组结果进行关联分析，用于验证mRNA可变剪接。当某一个蛋白被鉴定到且在转录组水平有表达信息时，被认为关联到。相关性分析将在蛋白水平和转录水平关联到的所有可定量数据进行关联分析，计算Pearson相关系数，得到蛋白和 mRNA表达的相关性，并在相关分析中，按照蛋白和mRNA表达量的变化将关联分析分成4类，...
iMeta | 俄亥俄州立大学郑庆飞组发表多组学方法研究肿瘤微生物组综述
悟道西方
01-23 1156
点击蓝字 关注我们多组学方法在肿瘤微生物组研究中的应用原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.73综 述●2023年1月9日，俄亥俄州立大学郑庆飞团队在iMeta在线发表了题为“Applying multi-omics towards tumor microbiome research”的文章。●多组学（尤其是单细胞组学）将对未来微生物与肿瘤微环境相互作用...
转录、蛋白、代谢多组学整合能整出来个啥？
bagadesu的博客
09-03 1786
最近有一批转录组、蛋白组、代谢组的多组学数据要分析，先找篇文章，看看这种多组学大概是怎么分析的，以及能分析出来啥东西，好让心里面有个底。
代谢组+基因组联合分析
aganlala的博客
01-21 5033
代谢组+基因组联合分析 简介 代谢组学是定量描述生物内源性代谢物对内外因变化应答规律的科学，能够直接反映生命体的终端和表型信息，近年来在疾病诊断和分型、生物标志物发现、药物研发、基因功能解析、代谢途径及调控机理等领域发挥着重要作用。全基因组关联分析(Genome-wide association study，GWAS) 常常用于疾病表型与相关变异位点研究，全基因组关联分析利用全基因组重测序或外显子测序技术获取数以百万计的SNP分子标记，与表型数据进行联合分析，从中筛选出与疾病相关的SNP，发现影响复杂性状的
毒液组学-多组学关联分析大全
aganlala的博客
07-03 1968
（一）转录组学与蛋白组学联合分析 1.1 简介 转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录信息的集合，代表了基因表达的中间状态。转录组测序可以对所有转录物进行分类、确定基因的转录结构、量化转录物的表达水平。其含量的变化在生物体的生长、环境应激、疾病发生发展等过程中发挥着重要的作用。且从DNA、mRNA到蛋白质的过程中涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控、转录后调控、翻译调控、翻译后调控等。因此，要全面探究毒液的组成，致病机理，生物学活性和药理作用，同步检测mRNA和蛋白质的表达量并进行联合分析已
蛋白质组学与转录组学联合分析
热门推荐
aganlala的博客
01-20 1万+
简介 蛋白质是生物体最终的功能执行着，其含量随着生物体的生长、环境应激反应、疾病发生发展的过程不断变化，因此，对蛋白质的解析意义重大。转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块，从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质的过程中，涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控，转录后调控，翻译调控，翻译后调控等。研究表明转录组和蛋白质组的相关系数并不高，表明在这个过程中，翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的调控作用。 蛋白质组学与转录组学联合分析， 就是通过对转录组数据和和蛋白质组数据进行联合分析，挖掘mRNA
r语言 转录组代谢组联合分析
12-30
### 使用 R 语言进行转录组与代谢组整合分析 #### 数据准备 为了实现转录组和代谢组数据的有效整合，通常需要先对这两类数据分别进行预处理。对于转录组数据而言，这可能涉及读取测序文件、质量控制以及标准化表达量计算；而对于代谢组，则需完成峰识别、定量及归一化操作。 ```r library(DESeq2) # 对于 RNA-seq 的差异表达分析 library(metaX) # 针对 LC-MS/MS 类型的非靶向代谢谱型实验设计专用工具箱 ``` #### 典型相关分析 (CCA) 通过典型相关分析可以探索两套多维特征集之间的关系模式，在此场景下即指代基因表达水平同代谢物浓度间的潜在联系。这种方法能够找出最能代表双方变异性的线性组合，并使得这些组合间具有最大化的协方差[^1]。 ```r # 假设已有经过前处理后的两个数据框 exprs 和 metabo 分别存储着基因表达值和代谢产物丰度测量结果 cca_result <- cancor(exprs, metabo) # 查看 CCA 结果摘要信息 summary(cca_result) ``` #### 可视化展示 利用图形手段直观呈现所发现的相关规律有助于加深理解并辅助后续生物学解释工作。热图是一种常用的方式用于表示样本聚类情况下的变量关联强度分布状况。 ```r heatmap(as.matrix(scale(t(exprs))), Colv=NA, Rowv=NA, col=colorRampPalette(c("blue","white","red"))(75), scale="none", margins=c(8,9), cexRow=.6, cexCol=.6) heatmap(as.matrix(scale(metabo)), Colv=NA, Rowv=NA, col=colorRampPalette(c("green","yellow","purple"))(75), scale="none", margins=c(8,9), cexRow=.6, cexCol=.6) ``` #### 生物学意义解析 最后一步是要基于统计模型输出的结果去挖掘背后隐藏的实际生理机制或病理过程。比如可以通过查阅文献来验证某些特定路径上是否存在已知的功能模块受到共同调控的现象。
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