科研收录-CSDN博客

原创 MIMIC-IV官方视图解析 - AKI 肌酐 (kdigo_creatinine、kdigo_stages)

判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看，今天我们主要提取肌酐。AKI是MIMIC相关研究的常用指标，MIMIC数据库里面AKI诊断按照KIDGO指南，内容太多，今天这个只包括肌酐水平评估：MIMIC数据库里面的基线值并不是一个固定的值而是动态的值。主要涉及ICU住院记录icustays和实验室检查labevents两张表。labevents表里CHARTTIME表示测量时间，VALUENUM表示测量值。icustays表里面intime和outtime分别表示出入ICU时间。

2024-02-07 16:48:36 971

原创 MIMIC数据库，使用Python研究万古霉素的剂量（一）

是一种杀菌型抗生素，抑制细菌细胞壁的合成万古霉素对以下细菌有效：大多数革兰阳性球菌和杆菌有抗菌活性，包括几乎所有耐青霉素和头孢菌素的 Staphylococcus aureus 和凝固酶阴性葡萄球菌株许多菌株肠球菌（大多但许多肠球菌菌株和一些S. aureus株对其耐药。万古霉素是由下列细菌引起严重感染和心内膜炎治疗常用药物（除万古霉素耐药株）：耐甲氧西林金黄色葡萄球菌S. aureus耐甲氧西林凝固酶阴性葡萄球菌耐beta-内酰胺类和多药耐药的肺炎链球菌。

2024-02-05 14:12:36 834

原创 MIMIC-IV数据库，如何提取入院患者生存时间？

首先，由于 dod 是一个日期，因此您必须小心由于从日期时间中减去日期而导致的明显“负”生存，例如对于 subject_id 19936081 和stay_id 39984717，他们的 intime 是 24 日，他们的 dod 是 24 日，但计算出来的 days_survived 是 -0.72。3 名入住 ICU 的患者的死亡日期距其入住 ICU 时间已超过 1 年。上面的查询中未显示，但还有大约 30 名左右的患者的 dod 与 ICU 入院日期相同，但发生在超时前一两天。

2024-02-01 19:18:51 2127 1

原创 MIMIC-IV官方视图解析 - cardiac_marker心脏标记表

该表中troponin_t （肌钙蛋白t）的值结果都是空值null 或者 ___ （由于去标识化），这明显是不合理的。几乎每个值都是 ___ （由于去标识化），因此派生表具有所有空值。然而 valuenum 列具有实际数据，因此我们应该。小编查看了该表的官方生成sql。

2024-02-01 12:18:48 352

原创 MIMIC-IV数据库，如何提取哪些肺栓塞病人进行了溶栓手术治疗？

查询mimiciv_hosp.procedures_id表查询溶栓患者的名单（project_id 和 hadm_id）查询手术代码表mimiciv_hosp.d_icd_procedures，找到溶栓所对应的手术icd_code代码。我们也可以用翻译后的中文表查询，需要翻译后的中文表，关注微信公众号【科研收录】，回复"d_icd_cn"这段代码其实也可以用于提取外科病人是否进行某手术，比如我们想知道诊断为肺癌病人做了肺叶切除术后有多少患者。

2024-01-31 19:38:00 981

原创 MIMIC-IV-ED适合科研小白的安装方法（提供数据集下载）

MIMIC-IV-ED 是一个免费的大型数据库，记录了 2011 年至 2019 年间贝斯以色列女执事医疗中心急诊科 (ED) 入院情况。添加解压好的 csv文件，注意全部添加进去，如果没有ed数据库文件的同学可以在后台回复“MIMIC-IV-ED” 获取。选择完成后点击运行，当下方全部显示OK后，刷新左侧数据库就能看到ed数据库已经建立成功。今天小编带大家手动创建并导入MIMIC-IV-ED数据库。找到官方提供的构建代码mimic-code ，打开mimic-iv-ed。右键表，选择导入向导。

2024-01-31 16:21:29 371

原创 MIMIC-IV-ED数据集介绍

MIMIC-IV-ED 是一个大型的免费数据库，记录了2011年至2019年间急诊部门(ED)贝斯以色列女执事医疗中心的入院情况。该数据库包含约425,000个 ED 停留。生命体征，分类信息，药物协调，药物管理和出院诊断是可用的。所有数据都被确定为符合健康信息便携性和责任法(HIPAA)安全港条款。MIMIC-IV-ED 旨在支持各种各样的教育倡议和研究。

2024-01-31 16:19:59 953

原创 MIMIC-IV官方视图解析-序贯器官衰竭评分（SOFA）

我们的目的是在数据挖掘之后取得进展，最好是来自不同的医疗保健环境，然后是更正式的德尔菲式共识，然后是外部验证——最好是前瞻性的，但最初可能使用现有的数据集。从这个角度来看，我们提出了一些可以在 SOFA 2.0 中考虑的额外元素，同时考虑到保持评分简单且对所有人可用的需要。在 SOFA 2.0 可以安全地替换原始 SOFA 分数之前，需要对每个器官/系统的不同分数的临界值进行全面验证。然而，随着多年来临床实践的变化，SOFA 评分的某些方面可能不再像以前那样重要。正如原始出版物中指出的那样，“

2024-01-31 16:14:33 978

原创 MIMIC-IV数据库，如何提取患者入院第一天的全部血乳酸值?

MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上）MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（下）CITI 课程考试补充答案CITI 课程考试补充答案（二）MIMIC数据库安装保姆级教程（上）MIMIC数据库安装保姆级教程（下)安装常见问题（一）安装常见问题（二）MIMIC-IV数据库安装常见问题（三）MIMIC-IV数据库安装常见问题（四）MIMIC数据库，常用查询指令SQL基础(一)MIMIC数据库，常用查询SQL基础(二)

2024-01-23 20:03:29 806

原创 MIMIC-IV官方视图解析-格拉斯哥昏迷评分（GCS）

不适用服用安眠药的患者 GCS 评分的评估频次每 12 小时进行 GCS 昏迷指数评分，对于病情不稳定进展比较快的患者每 4-6 小时评估一次并做好记录。有些刚接触工作的同学，入院评一次，出院评一次，是不正确的，评分主要为了监测病程的演变过程。WITH结构是子查询，相当于将括号内的select语句查询到的结果视为gcs_final这个临时表存在缓存中，注意此时可以将gcs_final看作一个物理表去使用，但是它并不是真实存在在你电脑上的，只是处理过程中的一个临时表，但是使用方法还是一样的。

2024-01-18 20:00:44 1038

原创 MIMIC-IV数据库，如何提取器官衰竭AKI的尿量指标？

判断AKI我们可以通过肌酐和尿量两个指标来看，今天我们主要提取尿量。

2024-01-10 12:01:02 977

原创 MIMIC数据提取教程 - 提取血管紧张素受体阻滞剂（ARB）药物

尽管血管紧张素 II 受体拮抗剂明显比 ACEI 更安全，但仅当不能耐受 ACEI 时，才选择使用血管紧张素 II 受体拮抗剂。它们与血管平滑肌和肾上腺上的血管紧张素受体 1 结合，从而阻止血管紧张素 II 的结合。因为是处方药，我们需要使用prescriptions表：它记录处方数据，记录了对患者开具的处方药物信息。formulary_drug_cd：药物在药物目录中的代码。form_unit_disp：实际发放的剂量的单位。form_val_disp：实际发放的剂量的数值。

2024-01-09 18:51:46 412

原创 MIMIC数据提取教程 - 提取入住ICU第一天生命体征（血氧饱和度、血压、呼吸、体温）

以高血压性心脏病为例，在d_icd_diagnose表中找到符合高血压性心脏病的icd_code,并放work数据库下的d_icd_Hypertensive_heart_disease中代码解释：SELECT d.*: 从表 d_icd_diagnoses 中选择所有列（*表示所有列）from mimiciv_hosp.d_icd_diagnoses d : 从名为 mimiciv_hosp 的数据库中的表 d_icd_diagnoses 中选择数据，并将其别名为 d。

2024-01-05 14:52:25 1688 1

原创 MIMIC数据提取教程 - 如何提取患有肥胖症疾病的患者?

由于其中有一些患者可能多次住院，其是否肥胖随时间更改，所以可能出现数据不一致。因此外层循环利用group来确定患者是否曾被确诊为肥胖疾病。我们也可以先翻译下d_icd_diagnoses表，给long_title后面添加一个cn 翻译后的字段，然后再筛选，这样可以用中文筛选。补充：ICD9码为确诊肥胖疾病的患者，以"V"开头的ICD9编码是利用BMI来衡量是否肥胖的。以"V"开头的ICD9编码是利用BMI来衡量是否肥胖的。有同学问想提取某种疾病患者数据，我们这里以肥胖症obesity为例。

2023-12-28 11:40:21 478

原创 MIMIC数据提取教程 - 如何提取患者入ICU后第一个WBC和SpO2值

如图，对应着同一个住ICU记录stay_id(30000153), 这个病人有很多次WBC白细胞检查记录，这里我们已经按照时间做了排序。，所以以icustay表里面记录的数据为准，三张表格共有的值为subject_id(每个患者的唯一号)，以此把三个表链接起来。一般情况下，我们也不会关心患者的所有临床指标，我们就再具体一些，比如：如何提取患者入ICU后第一个WBC和SpO2值。1，icustay记录了所有住ICU患者的id和住ICU时间和出ICU时间。即：把现在的结果通过with保存为临时表再筛选。

2023-12-26 19:43:21 83

原创 MIMIC-IV数据分析 - 使用R语言探索icustay_detail视图

MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些更新，收集了BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。主要使用ggplot2来可视化icustay_detail视图，做一下数据探索icustay_detail视图是官方代码生成的视图由以下SQL生成，本章我们不讲解生成的SQL具体语义（后面进一步讲解mimic数据提取时候讲解）关于如何生成官方物化视图查看以往文章数据源: postgresql数据库， mimic-iv数据安装R Console安装R Studio。

2023-12-20 17:38:37 160

原创 MIMIC-IV数据分析 - 使用Python进行心脏病案例分析（二）

请注意，列标题不同：我们有“HOURS_START”和“HOURS_END”。这是因为输入是在固定的时间内管理的。我们现在将查询 outputevents 输出事件表该表包含有关患者输出的所有信息（尿液输出、引流、透析）。如图所示，患者的摄入量往往高于其输出量（正如人们所期望的！），但在某些时期，它们几乎是一对一的。为了给该图提供必要的背景，图中最好包含患者的输入数据，即inputevents表中的数据。这能为确定患者的体液平衡（患者健康的关键指标）提供了必要的参考依据。它由三个部分组成：眼睛反应；

2023-12-19 09:49:53 58

原创 MIMIC-IV数据分析 - 使用Python进行心脏病案例分析

但是要想查询随时间变化的心脏相关指标，比如心率、呼吸频率等，我们需要知道患者的入院时间 intime （icustay表里面）和指标记录时间charttime （chartevents表里面），把这两个表关联查询，用charttime - intime就得到了入院以后几小时后各时刻的指标。例如，要选择标签等于“心率”的行，我们将使用 ce[ce['label'].str.contains('Heart Rate')]选取含有heart rate的label数据。思考：该患者心率发生了怎样的变化？

2023-12-11 16:30:11 80

原创 MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）

mimic数据库中有非常多的指标是需要根据时间计算出来，跟时间有关的指标都需要通过官方的时间函数进行计算得出MIMIC数据库常用的几个时间计算函数如下如果要以天为单位，datepart参数换成'DAY'结果保留两位小数结果保留整数这段SQL代码如果在python里面怎么写？我们这里还是直接用sql查出来的，只是把navicat展示换成了python打印出来。我们简化一下SQL关注公众号【】，回复"", 获取SQL代码回复"直方图"，获取python代码。

2023-12-08 12:45:51 151

原创 MIMIC数据提取教程 - 提取患者首次入ICU数据

我们前面生成患者入ICU顺序的语句放到stay_order_view这个临时表中，然后从stay_order_view中获取in_order=1的所有数据，查询结果如下，可以看到提取出了患者首次入ICU的stay_id。dense_rank函数：这个例子中是7位，7位，8位，也就是如果有并列名次的行，不占用下一名次的位置。比如正常排名是1，2，3，4，但是现在前3名是并列的名次，结果是：1，1，1，2。比如正常排名是1，2，3，4，但是现在前3名是并列的名次，结果是：1，1，1，4。

2023-12-03 09:57:05 244 1

原创 MIMIC数据提取教程 - 如何提取外科患者信息

MIMIC的很多文章都是关于一些内科疾病的，以脓毒症(Spesis)居多，一方面是这类病人在MIMIC的病人里面所占的比例很大，另外官方也给了很多诊断筛选(特别是sepsis)的物化视图，让大家可以很方便地找到想要找的自己感兴趣的目标患者。但是MIMIC里面也有很多外科患者，特别是MIMIC4相对于MIMIC3来说，外科ICU患者比例是增多的，下面图分别展示了MIMIC4各种ICU类型患者数量。（注意，这里patient_num其实是ICU住院人次，并非唯一病人）

2023-11-29 17:17:17 224 2

原创 MIMIC-IV 数据查询加速教程

一个数据库中的索引与一本书的索引目录是非常相似的。使用 CREATE INDEX 语句创建索引，它允许命名索引，指定表及要索引的一列或多列，并指示索引是升序排列还是降序排列。拿汉语字典的目录页（索引）打比方，我们可以按拼音、笔画、偏旁部首等排序的目录（索引）快速查找到需要的字。不管是单列索引还是组合索引，该索引必须是在 WHERE 子句的过滤条件中使用非常频繁的列。隐式索引是在创建对象时，由数据库服务器自动创建的索引。之前的文章我们提到过，需要对字段建立索引，查询才会快，以下面的SQL为例。

2023-11-28 14:08:57 69

原创 Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化

本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本，不同之处在于两点数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式，我们这里连接数据数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新。

2023-11-22 21:40:13 385 1

原创【重要】MIMIC-IV数据库表结构详解（一）

MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明今天我们详细讲解下mimic-iv数据库的主要模块，以及各个模块的内容、模块内数据表各个字段的含义，这篇介绍很重要，大家做数据提取和数据分析的基础。往后大家也能用来查询字段含义。比如这几篇数据提取的教程都依赖对表字段的了解。MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标因文章较长且微信展示表格不太友好，本文提供pdf版本，公众号回复 “表结构详解01”一、MIMIC数据档案。

2023-11-17 10:38:41 1145 2

原创 MIMIC-IV数据库衍生表格mimic_derived配置和使用

mimiciv数据库中并没有直接记录患者的真实年龄，mimiciv_hosp.patients表中有一个关于关于年龄的字段anchor_age，注意这并不是患者的真实年龄，是是经过mimic偏移的年龄。要获取患者的首次入院记录，我们需要使用到postgres数据库的内置函数ROW_NUMBER函数，该函数会将患者进行分组，并可以按照入院时间排序。根据年龄过滤出符合条件的患者，以及查出了患者的首次入院记录之后，我们需要把这两部分数据进行合并，也就是取出符合年龄条件的首次入院记录。对这个模块缺乏详细的介绍。

2023-11-15 14:29:25 399 1

原创手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图

视图是数据库的一个概念，它与数据库表的区别就是，视图的数据是要实时查出来的，视图的数据并没有存储在硬盘中。它的优点就是不需要占用硬盘空间（mimic-iv的所有视图会占用将近40G空间），缺点就是每次使用视图都需要先连表把数据查出来（这个过程非常花时间）。物化视图就类似于表的概念，它就是把数据查出来后，就把数据存储在了电脑的硬盘上，这样下次使用视图数据的时候，就可以直接从数据库查出来，速度会快很多。

2023-11-06 10:20:40 395 2

原创 MIMIC数据数据库导入教程

很多小伙伴想使用MIMIC数据库进行数据分析，但是他们不知道如何安装这个数据库，要想顺利的安装好MIMIC数据库，还是有一定技术难度的，特别是对于不了解计算机的小伙伴来说，今天我就教小伙伴们完整的安装MIMIC数据库，只要按照我的步骤一步一步进行，保证小伙伴们都可以顺利的安装好这个数据库。找到第二步安装postgres数据库的目录，在安装目录的script文件夹中，可以找到psql的启动命令，双击runpsql.bat文件就可以进入到psql终端。load_7z.sql（导入数据的脚本）

2023-08-29 19:18:14 133 1

原创 MIMIC数据库安装软件

原本官方的安装脚本一共有8个，但是我们一般只会使用其中的4个脚本就可以，为了简化学习，小编只列出了需要安装的这4个脚本：以上4个脚本一定要按照顺序执行！！！

2023-08-29 14:46:31 247 1

原创 MIMIC数据库官方函数的安装与使用

如果出现以上报错，可能的原因有两种，第一是函数没有安装在mimiciv_derived模块中，第二是数据库没有安装官方函数。函数脚本可以在官方的github仓库下载，同学们也可以关注小编的公众号“大家只需要把函数前的模块名替换成你本地的模块名即可执行小编的SQL。在该教程中，小编使用到了MIMIC数据库官方的两个函数。则此时函数的使用方式为。”，后台给小编留言“”即可获取函数脚本。

2023-07-25 10:28:09 178

原创 MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标

mimiciv数据库中患者的身高数据存放在icu模块的chartevents表中，并且身高会使用两种单位进行记录，分别是英寸跟厘米，为了数值的正确，必须将单位统一，这里小编会将使用英寸的测量数据转成厘米。mimiciv数据库中患者的体重数据也存放在icu模块的chartevents表中，患者的体重数据有两种类型，分别是入院时测量的体重跟医院每天的测量体重。第二部分为患者的“年龄”，“身高”，“体重”这几个信息，这几个信息都不可以直接从表中直接提取，而是要经过计算才能获取患者正确的指标。

2023-07-23 19:56:43 327 1

原创 MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标

小编现在已经分别查询出来了患了“肺栓塞”的病人，以及对应的实验室指标，最后需要把这些SQL语句合并后，才能输出在一张表格，其中使用了with子查询，分别把诊断数据跟实验室指标数据作为子查询，以下是完整的SQL解释。中查出患了“肺栓塞“的患者的信息，并根据患者分组，此处小编已经把所有患者都查出来了，患了“肺栓塞”的患者标志为1，没有患这个病的标志为0。小编本次要提取的指标是患有“肺栓塞”的患者的以下实验室指标：“血红蛋白”，“D二聚体”，“葡萄糖”。第三步，查询实验室指标对应的itemId，这需要从字典表。

2023-07-21 10:45:25 353 1

原创 MIMIC数据库，常用查询指令SQL基础(一)

本章主要讲SQL基础，以便后面提取数据库数据。

2023-07-20 11:51:07 160

原创 MIMIC数据库安装保姆级教程（下)

创建索引的过程也会比较长，可能会持续一个多小时，创建完毕后，可以在navicat中检查索引是否创建成功。选中表之后，右键点击“设计表”，然后点击“索引”选项卡，如果索引选项卡下有数据，则说明索引已经创建成功。数据导入过程会比较漫长，一般需求几个小时才能完成，而且导入的过程中可能会出现假死的情况，需要每隔一小段时间按下Enter键以便继续导入。主键创建完毕后，可以在navicat中校验主键是否创建成功，在navicat中选中表，右键点击“设计表”，如果看到一个类似于钥匙的图标，则表示主键创建成功了。

2023-07-17 13:40:08 312 1

weixin_36172141的博客