多肽数据库

最新推荐文章于 2025-04-17 11:42:17 发布
最新推荐文章于 2025-04-17 11:42:17 发布
阅读量1.6k 收藏 4
点赞数 1
分类专栏： 生物信息学 文章标签： 数据库
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42038527/article/details/128937946
版权

最近开启了新的课题是关于多肽的，俗话说磨刀不误，收集质量好的数据是建立模型的第一步。

许多以前的研究已经指出，严格的数据集对于精确估计预测模型的质量至关重要。

特别是，序列一致性（sequence identity）别对数据集的质量有很大的影响。如果序列具有较高的序列一致性，则很容易产生偏差估计。换句话说，较低的序列一致性意味着更高的数据集质量。

下面列出常见的多肽数据库

这篇知乎文章有详细的介绍 多肽数据库的小总结 - 知乎 (zhihu.com)

信号肽数据库： Signal Peptide Database

抗菌活性和肽结构数据库： Antimicrobial Peptide Database - DBAASP

抗菌肽数据库： Antimicrobial Peptide Database (unmc.edu)

细胞穿透肽数据库： CPPsite 2.0: A Database of Cell Penetrating Peptides (osdd.net)

肽抗原数据库：Antigenic Peptides-GenScript

治疗肽数据库： THPdb: A Database of FDA approved Therapeutic Peptides and Proteins (osdd.net)

AI4S - 《人工智能与药物设计》药物设计相关数据库的概述 (1)
AGI
06-04 327
药物设计是指使用化学、生物学、分子生物学等方法，对于已知的药物或天然产物进行改造或创新，以提高其药理活性、安全性和生物利用度的过程。药物设计是新药开发的重要环节，也是医药行业的核心竞争力之一。在药物发现与药物设计领域中，包括三类的数据库资源。
CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）
weixin_53603834的博客
07-17 401
实例讲解与练习：激酶靶点Bcr/Abl抑制剂的构效关系模型构建与活性预测。（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图。实例讲解与练习：新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的对接。实例讲解与练习：基于片段的Bcr/Abl靶点抑制剂优化与改造。实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子。2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择。实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的柔性对接。实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选。
肽数据库
02-24
肽数据库
PEPTIDE LIBRARY 多肽文库构建和筛选
Scierbio的博客
05-23 1098
1、肽库构建与筛选 肽库概念： 肽库，是大量特定长度且序列不同的小肽的集合,它包括了该长度短肽中各种(或绝大部分)氨基酸序列的排列组合。有些多肽虽然其序列与抗原的天然表位不同，但在结合抗体或配体时的方式是相同的，因此这种具有关键氨基酸残基的多肽称为模拟表位(mimotope)。模拟表位的概念在肽库发展过程中起到了重要的推动作用。肽库能够为药物设计，蛋白质-蛋白质相互作用以及其他生化和药物研究和应用提供强大的工具。 生物学和化学研究中，多肽文库是一种强大的筛选工具。它用于从大批量多肽中筛选极少量具关
宏基因组产品升级——抗菌肽数据库APD
最新发布
SHANGHAILINGEN的博客
04-17 671
抗菌肽（Antimicrobial Peptides，简称AMPs）是一类存在于多种生物体中的天然分子。
免疫肽组学数据库（ipMSDB）
Wis4e的博客
10-18 410
ipMSDB 是一个收录了来自健康组织、细胞系和肿瘤样本的 HLA-呈递肽段的数据库。 该数据库用于预测哪些肽段（如突变肽段或肿瘤抗原肽段）最有可能被患者的 HLA-I 或 HLA-II 分子呈递给 T 细胞，从而激发免疫反应。 如果一个突变肽段在 ipMSDB 中有对应的“精确匹配的野生型肽段”（即非突变状态下的同源肽段），它被 CD8+ T 细胞自发识别并诱导免疫反应的概率会增加 5 倍。表明，突变肽段的免疫原性与它在健康组织中的呈递记录（即是否有类似的野生型肽段）存在强关联。 这种分析方法帮
蛋白对接_[多肽]14个对接软件对蛋白 - 多肽结合的综合测评
weixin_39721370的博客
01-07 2644
今天介绍一篇JCTC发表的系统评测蛋白质和多肽进行分子对接计算的软件的文章，两位通讯作者分别是中南大学湘雅药学院的曹东升副教授和浙江大学药学院的侯廷军教授。大量的蛋白-蛋白相互作用由蛋白和多肽片段的结合所介导，确定蛋白-多肽的相互作用对开发多肽基础的药物具有重要意义。时至今日，已经有多个蛋白-多肽相互作用计算软件，但并没有系统的性能评估报道。本文中作者收集了185个蛋白-多肽复合物，建立测试集合P...
蛋白与多肽的对接计算教程
Yinfo_Tec的博客
04-18 2380
本教程讲述如何使用CABS-dock网站、殷赋云平台分子动力学方案及相关小工具，实现蛋白与多肽的对接计算。本次示例中，受体蛋白分别为3BP1（PDB ID :1ABO），配体多肽序列为APTMPPPLPP。该体系并不清楚具体的氨基酸残基位点，所以采用盲对接方式确定结合位点。首先采用CABS-dock进行刚性对接，挑选若干复合物进行分子动力学模拟，然后根据结合自由能选取最好的结果进行结合模式分析。相对于明确位点的对接方式来说，盲对接的花费较大。
20个图谱数据库.pdf
05-30
BioMagResBank (BMRB) 是一个公共的核磁共振数据存储库，专门存储多肽、蛋白质、核酸等生物大分子的核磁共振数据。该数据库由国际磁共振学会和 IUPAC-IUBMB-IUPAB 联合任务小组认可，并提供了生物大分子 NMR 数据的...
20个图谱数据库.doc
10-08
BioMagResBank (BMRB): 多肽、蛋白质、核酸等的核磁共振数据存储库 #### 数据库概述： - **名称**：BioMagResBank (BMRB) - **主要内容**：BMRB是由国际磁共振学会和IUPAC-IUBMB-IUPAB跨联盟工作组认可的公开存取...
免费信号肽预测signalP中文介绍
04-02
免费信号肽预测signalP中文介绍，免费信号肽预测signalP中文介绍
基于质谱的蛋白质鉴定，第3节：基于MALDI-MS肽指纹图谱的蛋白质质谱鉴定
Li_yuntalkBio的博客
07-10 1770
自从将质谱（mass spec, MS）引入蛋白质分析中以来，肽指纹图谱（peptide mass fingerprint, PMF）分析已成为高通量蛋白质鉴定的首选方法。在肽指纹图谱PMF分析方法中，来自二维凝胶电泳纯化的目标蛋白质，无论是通过酶水解还是化学裂解，最后都是通过质谱技术对所得的肽混合物进行分析。分析得到的肽指纹图谱与通过理论裂解数据库中存储的蛋白质序列而获得的无指纹图谱进行比较，检索得分最高的蛋白质作为可能的候选蛋白质。与其他电离技术（如ESI）相比，MALDI可以容纳分析物混合物中适度的缓
学术速运|基于深度学习的生物活性治疗性肽的生成与筛选
weixin_45468600的博客
03-19 612
利用深度学习可以生成大量潜在的生物活性肽，类似于利用获得的生物活性肽作为训练集生成从头化合物。尽管基于深度学习的肽生成模型的可用性有限，但我们已经建立了一个LSTM模型（称为LSTM_Pep）来生成从头肽，并对模型进行微调，以生成具有特定预期治疗效益的肽。作者提出了一个筛选为给定目标生成的多肽的管道，并使用SARSCOV-2的主要蛋白酶作为概念验证。该工作揭示了开发基于深度学习的方法和管道，以有效地生成和获得具有特定治疗效果的生物活性肽，并展示了人工智能如何帮助发现能够与特定目标结合的从头生物活性肽。
TSNAdb:肿瘤新抗原数据库
庐州月光的博客
07-25 1905
欢迎关注”生信修炼手册”!TSNAdb是一个肿瘤特异性新抗原的数据库，从TCGA和TCIA数据库中收集了16种肿瘤共7748个肿瘤样本的体细胞突变和HLA alleles信息，然后分别使...
多肽库可用于多肽筛选、药物发现、疫苗开发等领域 | MedChemExpress (MCE)
mmmm12134的博客
04-28 476
拟肽化合物的设计是为了规避一些天然肽自身存在的问题：如对蛋白水解作用的稳定性(活性持续时间)和较差的生物利用度，某些其他性质，如受体的选择性或效能，往往可以得到很大的改善。拟肽的设计和合成是非常重要的，因为在分子识别和信号传递中，尤其是在生命系统中，肽和蛋白-蛋白相互作用起着主导作用。我们将在明确您的产品用途后，向符合资质的客户通过定制合成服务的方式提供 MCE 拟肽化合物库，我们为该库中的所有产品提供溶液包装或粉末包装。配方：1297 种肽化合物的集合，以预溶解溶液或固体形式提供。
在SwissTargetsPrediction数据库中预测成分靶点
热门推荐
基博的博客
05-14 1万+
利用SwissTargetsPrediction数据库进行成分靶点收集
全球蛋白质及基因组经典数据库汇总
Fumingouge的博客
08-28 1540
全球蛋白质及基因组数据库集锦
多肽性质预测
03-13
<think>嗯，用户想知道如何通过计算方法或工具预测多肽的物理化学性质或其他特性。首先，我需要回忆一下生物信息学中相关的资源和方法。根据引用里的信息，比如引用3提到了蛋白质口袋区预测和一些药物设计相关的工具，可能有关联。还有引用4提到的非编码RNA分析，虽然不直接相关，但可能类似的工具可以应用在多肽上。 首先，多肽的性质预测可能包括等电点、疏水性、分子量、二级结构等。常见的工具比如ExPASy的ProtParam，这个在引用3中提到的UniProt和Swiss-Prot可能相关。用户需要具体的工具名称和使用方法。 然后，可能需要考虑一些在线软件，比如PeptideCutter，用于酶切位点预测。还有像I-TASSER这样的结构预测工具，不过引用3里提到的是蛋白质结构数据库，可能需要确认是否有适用于多肽的工具。 另外，药物设计相关的工具如SwissADME和DrugBank可能在药代动力学预测上有用，但多肽的话可能需要特定的工具。比如APD3数据库专门针对抗菌肽，这可能是一个例子。 还有用户可能关心的是如何获取这些工具，是否有在线平台或需要下载。比如CAMP数据库是在线的，而某些工具可能需要本地安装，比如需要Python或R的包。 另外，需要考虑用户的实际应用场景，比如他们是在进行药物开发还是基础研究，这会影响推荐的深度和工具的选择。例如，抗菌肽预测可能需要不同的工具组合。 最后，生成相关问题时，应该围绕多肽预测的不同方面，比如具体性质、结构预测、数据库资源、药物开发应用，以及工具的使用挑战等。这样能帮助用户进一步探索。</think>### 多肽性质预测方法及工具 多肽的物理化学性质（如等电点、疏水性、分子量）和功能特性（如二级结构、抗菌活性）可通过以下生物信息学方法和工具进行预测： --- #### **1. 基础物理化学性质预测** - **ProtParam (ExPASy)** 输入多肽序列即可计算分子量、等电点、消光系数、氨基酸组成等。 示例： ```python # 使用Biopython调用ProtParam from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis peptide = ProteinAnalysis("ACDEFGHIK") print(peptide.molecular_weight()) # 输出分子量 ``` 支持在线访问：[ExPASy ProtParam](https://web.expasy.org/protparam/)[^3]。 - **PeptideCutter (ExPASy)** 预测多肽在特定蛋白酶或化学试剂下的酶切位点[^3]。 --- #### **2. 二级结构与功能预测** - **PSIPRED** 基于序列预测多肽的二级结构（α-螺旋、β-折叠等）[^3]。 - **APD3 (Antimicrobial Peptide Database)** 专用于抗菌肽的预测，包含活性、毒性、理化性质分析模块。 --- #### **3. 相互作用与药代动力学** - **SwissADME** 预测多肽的渗透性、溶解性和药物相似性，适用于药物开发。 - **HMMTOP** 预测多肽的跨膜螺旋结构，用于膜蛋白功能研究。 --- #### **4. 综合工具与数据库** - **UniProt** 提供多肽序列的功能注释和理化性质检索[^3]。 - **CAMP (Collection of Antimicrobial Peptides)** 整合实验验证的抗菌肽数据及预测工具[^3]。 --- #### **应用场景** - **药物设计**：通过SwissTargetPrediction预测多肽潜在靶点。 - **功能研究**：利用InterPro分析多肽的结构域和功能模体[^2]。 ---
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值