中seq是哪个包里的_scRNA-seq入门——第二章 从原始数据到表达矩阵

根据所使用的建库方法，单细胞的RNA序列（也称为读取（reads）或标签（tags））将从转录本的3'端（或5'端）（10X Genomics，CEL-seq2，Drop-seq，inDrops）或全长转录本（Smart-seq）获得。

图片来源： Papalexi E and Satija R. Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity, Nature Reviews Immunology 2018 (https://doi.org/10.1038/nri.2017.76)

我们可以根据自己感兴趣的生物学问题而选择不同的方法。这些方法具有以下优点：

• 3'（或5'）端测序：
  • 通过独特的分子标记物（molecular identifiers）来更准确地定量鉴别生物复制品和扩增（PCR）复制品
  • 可以给更多的细胞测序，更好地识别细胞类群
  • 每个细胞的平均测序成本更低
  • 最适用于10000个以上的细胞
• 全长（Full length）测序
  • 可以检测到亚型水平上的表达差异
  • 可以进行等位基因（allele-specific）表达差异的检测
  • 可以给少量细胞进行更深度的测序
  • 最适用于细胞量少的样本

全长测序和3'端测序需要进行许多相同的分析步骤，但3'端流程越来越受欢迎，在分析过程中包含了更多的步骤。因此，我们的教程将详细分析这些3'端流程的数据，重点是基于液滴的方法（inDrops，Drop seq，10X Genomics）。

3’端测序（包括所有基于液滴的方法）

对于单细胞RNA测序的数据分析来说，理解在每次读取中获得的信息