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根据所使用的建库方法,单细胞的RNA序列(也称为读取(reads)或标签(tags))将从转录本的3'端(或5'端)(10X Genomics,CEL-seq2,Drop-seq,inDrops)或全长转录本(Smart-seq)获得。
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图片来源: Papalexi E and Satija R. Single-cell RNA sequencing to explore immune cell heterogeneity, Nature Reviews Immunology 2018 (https://doi.org/10.1038/nri.2017.76)
我们可以根据自己感兴趣的生物学问题而选择不同的方法。这些方法具有以下优点:
- 3'(或5')端测序:
- 通过独特的分子标记物(molecular identifiers)来更准确地定量鉴别生物复制品和扩增(PCR)复制品
- 可以给更多的细胞测序,更好地识别细胞类群
- 每个细胞的平均测序成本更低
- 最适用于10000个以上的细胞
- 全长(Full length)测序
- 可以检测到亚型水平上的表达差异
- 可以进行等位基因(allele-specific)表达差异的检测
- 可以给少量细胞进行更深度的测序
- 最适用于细胞量少的样本
全长测序和3'端测序需要进行许多相同的分析步骤,但3'端流程越来越受欢迎,在分析过程中包含了更多的步骤。因此,我们的教程将详细分析这些3'端流程的数据,重点是基于液滴的方法(inDrops,Drop seq,10X Genomics)。
3’端测序(包括所有基于液滴的方法)
对于单细胞RNA测序的数据分析来说,理解在每次读取中获得的信息